基于改进磁滞优化算法的三维蛋白质折叠问题研究-控制理论与控制工程专业论文.docxVIP

摘要摘 摘要 摘 要 蛋白质折叠问题是当前生物信息技术研究的核心问题之一，它所要解决的是蛋白质 一级结构中的氨基酸序列如何折叠成三维空间结构的问题．研究蛋白质的折叠机理对完 成生物信息传递的整个过程，进而揭示生命活动的规律具有重要意义．近年来，智能计 算在蛋白质折叠问题的建模、预测和优化中发挥着越来越重要的作用．本文将一种新型 物理优化算法一一磁滞优化算法(Ho)，应用于三维蛋白质结构的预测问题中；并在此工 作的基础上，深入的研究了磁滞优化算法和蛋白质折叠的特性，提出了有效的改进方法． ’首先，本文首次将磁滞优化算法扩展于求解三维蛋白质折叠问题．磁滞优化算法受 启发于物理学中的交流去磁过程，通过模拟交变衰减的外磁场的去磁过程来求解优化问 题．它由Zar矗nd等人于2002年针对自旋玻璃模型的求解提出。通过分析仿真结果得出 结论：磁滞优化算法由各种“构造块”组成，其应用于求解蛋白质折叠问题的关键在于 如何合理定义各“构造块”使磁滞优化算法的原理、蛋白质结构及目标函数(最低能量态) 三者之问建立相互联系，各“构造块”能够协同作用以达到好的求解效果． 进而，基于之前的研究工作，提出了成功的算法改进意见，仿真结果在与其它智能 算法的应用结果比较中，不仅取得较好的结果，而且计算速度也更快；特另0是对于长度 为64的序列找到了最低能量值．57的构象，而在其它的算法求解中只找到最低能量．56 的