WUER--第四章--功能基因组学.pptxVIP

;第一节 功能基因组学;1、功能基因组学的研究内容;2、功能基因组学的研究方法;2.1单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP);DNA（分子）标记;SNPs与表型;2.2表达序列标签（Expressed sequence tags, EST）;EST的应用;分离和鉴定新基因 将所获得EST用生物信息学方法与公共数据库中的已知序列比对,可以迅速准确的确定基因的功能。由于在构建cDNA文库时要尽可能的选用全长cDNA,所以一旦发现有价值的EST,可以找到对应的克隆,获得的全长cDNA可以直接用于转基因等研究。利用EST方法进行发现、分离基因的研究,不仅是人类基因组研究的热点,而且也是模式生物基因研究的重要内容。 ;基因差异表达的研究 通过比较不同发育时期和每个发育时期不同组织器官cDNA文库中的EST信息,可以绘出该物种在特定时间和空间的基因表达的发育顺序谱。因为一个基因表达的峰度越高,它被随机???出而被测序的次数越多,而比较众多cDNA文库的EST数据可以推测1个基因在不同组织或器官中表达的差异。 ;基因的定位克隆 以EST为重要来源的染色体物理图谱进一步方便了对抗病基因的连续分析,可将抗病基因定位在染色体中的狭小区段,缩小抗病基因的筛选范围。同时,EST标记是功能序列区的标记,处于目标基因的范围内,是目标基因的编码区,因此EST标记是分离功能基因的有效标签,大大提高了克隆基因的效率。 ;比较基因组学的研究 利用EST序列中古老保守序列来研究生物中间的进化关系,可以避免选择家系、构建群体、大量的统计分析等周期,长而繁琐的遗传图谱的制作过程。此外,利用基因组较小的模式生物所获得的已知功能基因,用复杂基因组生物,如人和动植物的EST比较,从而推测,待测EST的功能,已经成为比较基因组学研究的重要内容。 ;用于制备cDNA芯片 芯片技术,是目前高通量筛选EST的有效方法。随着更多基因组计划的开展和更多已知功能基因的积累,将来无需进行测序,只通过DNA芯片技术就可以研究基因的功能。EST计划的实施不仅获得了关于表达基因的信息资源同时也获得了大量已经经过功能鉴定了的cDNA克隆资源,而这些资源都是功能基因组研究所不可缺少的。 ;2.3SAGE （serials analysis of gene expression） 基因表达系列分析 1995年，Johns Hopkins大学的分子肿瘤学家Kinzler和Vogelstein及其同事建立了SAGE方法。 ;SAGE 技术的主要理论依据： 来自转录物内特定位置的一小段寡核苷酸序列（9~11bp）含有鉴定一个转录物特异性的足够信息，可作为区别转录物的标签（tag）； 通过简单的方法将这些标签串联在一起，形成大量多联体，对每个克隆到载体的多联体进行测序，并应用SAGE软件分析，可确定表达的基因种类，并可根据标签出现的频率确定基因的表达丰度（abundance）。 ;2.4DNA芯片;DNA芯片的基本原理;基因芯片基本操作流程;基因芯片;基因芯片的应用;2.5RNAi（RNA interference，RNA干扰） RNA干扰(RNA interference, RNAi)是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA，dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。基因沉默，主要有转录前水平的基因沉默(TGS)和转录后水平的基因沉默(PTGS)两类:TGS是指由于DNA修饰或染色体异染色质化等原因使基因不能正常录;PTGS是启动了细胞质内靶mRNA序列特异性的降解机制，存在于从低等的线虫到人类细胞等多种有机体。 RNAi相关技术是研究转录后调控的有效工具，可用于功能基因组学研究以及基因治疗等临床用途。;;核心技术： siRNA（ Small interfering RNA）的设计与合成 siRNA的标记 siRNA的转染 RNAi的检测（核酸及蛋白水平）;RNAi技术的应用;基因功能分析;基因产物—蛋白质功能的研究;第二节 蛋白质组(Proteome);蛋白质组分析复杂性;蛋白质组研究技术;双向凝胶电泳 样品制备（包括蛋白质的溶解、变性及还原，从而去除非蛋白质杂质等）→ 第一向等电聚焦（根据蛋白质电荷差异进行分离）→ 第二向SDS（以蛋白质分子量差异为基础）→蛋白质的检测（用考马斯亮蓝、银染、铜染等方法）→图谱数字化分析（图象扫描、确定每个蛋白质点的等电点和分子量，寻找差异蛋白）;?双向电泳(two-dimensional el