引物设计GeneBank数据库和软件的使用.ppt.ppt

引物设计/GeneBank数据库和软件的使用 引物设计原理 引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。引物设计总体上包含三个程序：序列下载，同源性比较，引物设计筛选 。 引物设计需要考虑的因素 引物长度（primer length） 产物长度 product length） 序列Tm值 (melting temperature) 引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用ΔG值反映) 形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplex formation and hairpin）的能值 在错配位点（false priming site）的引发效率 引物及产物的GC含量（composition） 必要时还需对引物进行修饰，如增加限制性内切酶位点，引进突变等 引物设计的一般原则 三条基本原则： 引物与模板的序列要紧密互补 引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构 引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配) 引物设计的原则 1、引物长度 大多数应用的最短引物长度为18个核苷酸。如果期待的产物长度等于或小于500 bp，选用短的(16～18)的引物；若产物长5 kb，则用24个核苷酸的引 物。有人用20～23个核苷酸引物得到40 kb的产物。 引物设计的原则 2、引物GC含量 GC含量在40%－60%之间，以45-55％为宜。这可为有效退火提供足够热。 引物设计的原则 3、引物Tm 引物所对应模板序列的Tm 值最好72℃左右。至少要在55－80℃之间。 Tm=2(A+T)+4(C+G) 引物设计的原则 4、引物3’端 引物3’末端和模板的碱基完全配对 防止一对引物内的同源性 考虑末端5个碱基的ΔG 引物3′端要避开密码子的第3位 引物设计的原则 5、引物序列与模板序列组成的相似性 可能的错误引发位点决定于引物序列组成与模板序列组成的相似性，相似性高则错误引发率高 。 引物设计的原则 6、最好在模板cDNA的保守区内设计 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 引物设计的原则 7、引物自身及引物之间不应存在互补序 列 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。 引物设计的原则 8、碱基要随机分布 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（False priming）。 引物设计的原则 9、引物应具有特异性 引物设计完成以后，应对其进行检测。如果与其它基因不具有互补性，就可以进行下一步的实验了。 引物设计的原则 10、ΔG值 ΔG值(自由能)反映了引物与模板结合的强弱程度。一般情况下，引物的ΔG值最好呈正弦曲线形状，即5’端和中间ΔG值较高，而3’端ΔG值相对较低，且不要超过9（ΔG值为负值，这里取绝对值），如此则有利于正确引发反应而可防止错误引发。 引物设计的原则 11、引物的5′端 引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰，引物5′ 端修饰包括：加酶切位点、标记生物素、荧光、地高辛等；引入蛋白质结合DNA序列；引入点突变、插入突变、缺失突变序列；引入启动子序列等。 引物设计的原则 12、在DNA测序和PCR中最好用5′末端稳定(如GC含量较多)，而3′末端不太稳定(如AT含量较多)的引物 PCR引物设计基本思路 1. 根据实验需要，确定需要扩增的DNA序列，并知道其CDS区序列（编码结构基因区,即从起始密码子区至终止密码子区） ncbi网站查询 PCR引物设计基本思路 2. 选择所需的载体,确定合适的酶切位点。 所选择的酶切位点尽量为多克隆位点的中间酶切位点，且载体上其它地方无该酶切位点。这样连接以后再构建新的质粒时选择酶的空间更大些。并保证所需扩增的DNA序列中无该酶切位点（generuner分析）。 PCR引物设计基本思路 3. 初步确定设计的引物长度。 一般为15～30bp，引物过短会影响到扩增的特异性，过长会影响扩增速率。如果扩增产物≤500bp，引物长度为16～18bp即可。若扩增产物为4～5kb，引物最好不要少于24bp。引物3’末端应含有所研究基因特异序列中的17～30bp。 PCR引物设计基本思路 4.