基因组学的第三次发展浪潮——三维基因组学3DGenomics.PDF

基因组学的第三次发展浪潮——三维基因组学（3D） Genomics） 精选 【三维基因组学（Three-Dimensional Genomics, 3D Genomics ） 是多学科、多技术融合催生的新产物，它的出现推动了基因组学第三次发展浪潮 的到来。三维基因组模型是细胞生命调控过程的真实生物模型，为网络生物学提 供了“标准化”的元模型，也为人类与动植物基因组功能的阐述提供了底层基础。 在美国 NIH 已经抢先启动人类三维基因组计划的情况下，中国抓住机遇，及时 启动重要动植物的三维基因组计划很有必要。另外，对于从事组学与生物信息研 究的年轻人，尽早学习、掌握三维基因组学研究的相关理论和方法，在今后的研 究中可能会有更多令人惊喜的收获】 随着人类基因组、模式动植物与重要作物、农业动物基因组测序 工作的相继完成，生命科学已从整体上进入以功能基因组学研究为核心 的后测序时代（post-sequence era ）。世界各国对各种后测序基因组 计划（post-sequence genome project ）高度重视，目前已经形成惨烈 竞争的态势。迄今为止，欧美等发达国家先后启动了多个物种的 ENCODE 计划、国际免疫基因组计划协会（Immunological Genome Project Consortium）启动了免疫基因组计划，日本学者提出了基因组 网络计划等多个后测序基因组计划。在家养农业动物领域，美国农业部 与爱荷华州立大学（Iowa State University）等多单位联合，启动了 猪抗蓝耳病机理解析的基因组工程。能否提出、领衔重要基因组计划是 一个国家生命科学研究整体实力的反应，虽然我国少数学者和单位参与 了部分国际性的后测序基因组计划，但目前几乎没有由中国学者领衔的 重要基因组计划，在后测序时代的基因组学领域，除了某些局部领域的 特色与相对优势之外，在整体上我国仍然处于跟踪、追赶的发展态势中。 当前，以基因组精细结构注释、基因组功能多样性和复杂性阐释 为核心的功能基因组学已成为生命科学的竞争热点与重点发展方向。所 以，对于华大基因这种具有很强实力的国际化大公司，如果主要精力仍 然放在结构基因组，只是不停地变换物种，批量化地生产各个物种基因 组的序列数据，如果在功能基因组学新技术研发与新技术引进方面舍不 得投入资金，华大的没落只不过是时间早晚的问题。 在大多数学者关注ENCODE 计划的时候，华中农业大学引进的“千 人计划”学者、ChIA-Ped 技术的发明者阮一骏教授在《科学》杂志撰文 提出三维基因组（3D genome）将是今后基因组学研究的重要发展方向， 三维基因组已成为基因组学第三次发展浪潮的标签（限于篇幅，对三维 基因组学更详细的了解，请参见附件李国亮教授的综述文献）。目前， 美国 NIH 已完成人类三维基因组计划启动的专家论证与预算编制等先 期工作，当然阮一骏教授也是NIH 聘请的论证专家之一。阮一骏教授有 一颗赤子之心，他奔走于国内各大高校、中科院、科技部和基金委，主 动与国内众多基因组学专家交流，牵头举办了三维基因组学的学术研讨 会，多方呼吁，目的是想要国内同行、科技部和基金委的领导意识到到 三维基因组学是生命科学的最新发展趋势，想极力促成中国成为作物、 农业动物的三维基因组学计划的领衔者。 美国是全世界人类医学研究的领导者，集中了全球最优秀的科研 人才与资源，在美国 NIH 已经先走一步的情况下，要与美国竞争人类 三维基因组计划很困难，但中国是农业大国，抢先启动水稻、猪、小麦、 鸡等重要动植物的三维基因组计划却具有高度的可行性，而且有着十分 重要的意义。率先推出重要动植物的三维基因组学计划，不但会为我国 生命科学、农业科技的持续创新提供强有力的基础支撑，也将会为我国 在动植物基因组学领域提供一次领先世界的机会，这种机会不应错过。 三维基因组学既是高技术与高维数据分析驱动的新组学研究，同 时也是一种思维方式的变革，个人认为三维基因组学最突出的亮点是为 今后的网络生物学（系统生物学）提供了“标准化”的元模型。目前对于 成熟的单一组学分析，主要是提供平面数据，而建立在组学数据基础上 的网络生物学研究则是将这些平面数据“立体化”起来。但是，目前的网 络生物学在“立体化”各种组学数据的过程中，其本质是在人为地构建各 种“人造模型” ，因为不同的人会根据自己对生命系统的不同理解而发展 出不同的模型系统。而三维基因