小立碗藓（Physcomitrella+patens）植物microRNA结合靶位预测.pdf

进行切割在转录后水平调节基因表达。在植物中还发现，miRNA靶基因的反馈调节可能 制可能比在动物中复杂(24)。 P‘c‘mR^ —— 。。。N。一卜_ -弋／ {r DO_t① E。。．H。。iq + 繇嚣……--uI．ImIll一 1l“m4， 2黜“””m—I_II-_lLP 》l兰 Mawr*miRNA “RN”d。gr“a№“ ㈣n口 comp4ex ^∞1 。 一 型孽～ 图1植物microRNA生物发生过程(25) l The Figure biogenesisOfplantmicroRNA(25) 4 采用实验手段鉴定miRNA的方法主要有两种：正向遗传学法(forwardgenetics)和 直接克隆法(direct 到的(1l，12)，直接克隆法从生物样品中分离并克隆miRNA(10，28)。 因此通过测定小RNA分子序列的方法筛选microRNA的效率很低(25，29)。 强的序列保守性和microRNA前体中长的发卡结构使得采用生物信息学方法在全基因组 保守性作为过滤器，某些方法还利用了植物microRNA与靶基因具有高的互补性作为判定 标准(22，33)。 植物miRNA与靶基因几乎完全互补，利用这一特点可以采用生物信息学方法预测植 机方法从拟南芥中鉴定了83个新miRNAs，并预测了它们的结合靶位(29)。 最近，在小立碗藓中鉴定出561102条small 处匹配，又有42％的small 立碗藓表达了大量的内源siRNA和miRNA。 168在 小立碗藓中具有潜在重要生物学功能。52个莱茵衣藻特有的miRNA在小立碗藓中被预测 出存在结合靶位，为研究从藻类向苔藓植物的演化提供重要参考。 2数据和方法 2．1数据 2．1．1小立碗藓mRNA 帆PHYSCObase数据库( 这些mRNA序列}}f142182条EST序列拼接而成。 2．1．2植物miRNA ( 个miRNA家族。 表16种植物的miRNA Table1 miRNAsfrom6 organisms plants 物种 托丁名 简写 miRNA条数 拟南芥 thaliana ath 199 Arabidopsis 莱菌衣藻 reinhardtii 72 Chlamydomonas 水稻