基于序列的Nedd4家族泛素连接酶进化与功能研究-精密仪器及机械专业论文.docxVIP

Nanjing University of Aeronautics and Astronautics The Graduate School College of Automation Engineering Evolutionary analysis and functional study of Nedd4 ubiquitin ligases using sequence features A Thesis in Biological information processing and modeling by Hu Lizhen Advised by Prof. Song Xiao-feng Submitted in Partial Fulfillment of the Requirements for the Degree of Master of Engineering March, 2012 承诺书 本人声明所呈交的硕士学位论文是本人在导师指导下进 行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致 谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成 果，也不包含为获得南京航空航天大学或其他教育机构的学位 或证书而使用过的材料。 本人授权南京航空航天大学可以将学位论文的全部或部 分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描 等复制手段保存、汇编学位论文。 （保密的学位论文在解密后适用本承诺书） 作者签名： 日 期： 南京航空航天大学硕士学位论文 南京航空航天大学硕士学位论文 基于序列的 基于序列的 Nedd4 家族泛素连接酶进化与功能研究 I I PAGE PAGE IV 摘 要 泛素化降解过程调控着许多真核生物重要的生命活动，而泛素连接酶（E3 酶）在特异性 识别底物方面起着关键作用，其中 Nedd4 家族 E3 酶参与内吞作用、膜蛋白降解、控制细胞增 长和病毒出芽等多种生物学过程，其错误的调控和许多人类疾病有关。本文主要从分子水平研 究该家族 E3 酶的进化与底物的识别。 首先分析了 Nedd4 E3 酶的密码子使用偏性，结果表明该家族的密码子偏性较低，影响偏 性的主要因素是碱基含量及选择压力，得到的 16 个最优密码子基本以 G 和 C 结尾。同时发现 该类 E3 酶在不同物种中的密码子使用模式相近，但酿酒酵母的偏性高于其他物种，密码子多 以 A 和 T 结尾。另一方面，通过使用基于贝叶斯理论的 PAML 软件进行适应性进化分析，仅 在低等真核生物中检测到正选择信号，表明进化过程中 Nedd4 E3 酶的功能发生了扩展，而高 等生物中功能稳定。为了提高结果的准确性，截取各个结构域序列分析，结果没有检测到阳性 位点，说明结构域的功能得到了很好的继承。 其次本文采用计算方法基于序列特征构建预测酵母 Rsp5 底物蛋白的模型，为 E3 酶底物的 识别提供了一种有价值的方法。通过构建各个样本集，挖掘基于序列的特征包括 Rsp5 识别底 物的基序、与调控泛素化降解信号有关的特征、影响酵母蛋白稳定性的特征及经典的降解信号 等；在此基础上，筛选出 9 个与泛素化降解机制有密切关系的特征，分别是 PY motif、氨基酸 含量、跨膜区、无序结构及 N-糖基化，并使用支持向量机算法构建模型预测底物，敏感性和特 异性分别为 87.7%、81.1%，明显优于 PY motif 方法；同时从寿命、亚细胞定位、功能等多方 面论证了该模型较好的性能。在构建模型过程中，基于 B/S 模式开发了两分类 LibSVM 工具集 成化的网络平台，使用者可以方便、快捷的运用该工具。 关键词： Nedd4 泛素连接酶，密码子使用偏性，适应性进化分析，Rsp5，预测底物蛋白 ABSTRACT Ubiquitin-protein ligases(E3s) play an important role in controlling substrate specificity in the ubiquitin-proteasome system(UPS), which regulates many important cell processes in eukaryotes. Nedd4 E3s implicated in diverse biological processes including endocytosis, degradation of embrane protein, control of cell growth and virus budding, and the error regulation of which may lead to many human diseases. Therefore,