樱桃谷鸭OASL基因全长cDNA的克隆及其生物信息学分析探究.pdfVIP

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆ Ａｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０１７ꎬ３３(２):３７３~３７８ ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ.ｊｓｎｙｘｂ.ｃｏｍ ３７３ 毕可然ꎬ韩凯凯ꎬ李　 银ꎬ等.樱桃谷鸭ＯＡＳＬ基因全长ｃＤＮＡ的克隆及其生物信息学分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０１７ꎬ３３(２):３７３￣３７８. ｄｏｉ:１０.３９６９/ ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０１７.０２.０２１ 樱桃谷鸭ＯＡＳＬ 基因全长ｃＤＮＡ 的克隆及其生物信息学 分析 毕可然ꎬ　 韩凯凯ꎬ　 李　 银ꎬ　 刘青涛ꎬ　 赵冬敏ꎬ　 刘宇卓ꎬ　 黄欣梅ꎬ　 杨　 婧 (江苏省农业科学院兽医研究所/ 农业部兽用生物制品工程技术重点实验室/ 国家兽用生物制品工程技术研究中心ꎬ江苏 南 京 ２１００１４) 　 　 摘要:　 为了获得樱桃谷鸭寡腺苷酸合成酶样蛋白质基因(ＯＡＳＬ)全长ｃＤＮＡꎬ并且初步了解其生物学特性ꎬ采 用ＲＴ￣ＰＣＲ和ＲＡＣＥ方法从鸭脾脏组织总ＲＮＡ 中扩增 ＯＡＳＬ基因ｃＤＮＡ片段ꎬ应用生物信息学方法ꎬ系统分析鸭 ＯＡＳＬ的遗传进化以及蛋白质的理化性质、二级结构和亚细胞定位ꎮ 结果表明ꎬ樱桃谷鸭ＯＡＳＬ基因(ＧｅｎＢａｎｋ登录 号:ＫＸ２５５６５４)全长１６３０ ｂｐꎬ其中包含 １９ ｂｐ 的５′ＵＴＲ(Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ ｒｅｇｉｏｎꎬＵＴＲ)、９９ ｂｐ 的３′ＵＴＲ(Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ ｒｅ￣ ｇｉｏｎꎬＵＴＲ)和ＰｏｌｙＡ尾巴、１５１２ ｂｐ 的编码区(Ｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎꎬＣＤＳ)ꎬ翻译编码５０４个氨基酸多肽ꎮ 鸭ＯＡＳＬ蛋白具 有寡腺苷酸合成酶(ＯＡＳ)蛋白家族的典型特征ꎬ即Ｎ端为寡腺苷酸合成酶样结构域(ＯＡＳ￣ｌｉｋｅ ｄｏｍａｉｎꎬＯＬＤ)ꎬＣ端 为２个串联的泛素化样结构域(Ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ￣ｌｉｋｅ ｄｏｍａｉｎｓꎬＵｂＬＤｓ)ꎬ不具有信号肽和跨膜区ꎮ 序列比对和系统进化分 析结果表明ꎬＯＡＳＬ氨基酸序列在同种之间比较保守ꎬ与已报道的鸭 ＯＡＳＬ 的同源性高达 １００％ꎬ与鹅同源性为 ７８％ꎬ与人、鼠和猪等哺乳动物的同源性仅为４３％~４５％ꎮ 关键词:　 樱桃谷鸭ꎻ ＯＡＳＬ基因ꎻ ＲＡＣＥꎻ 生物信息学分析 中图分类号:　 Ｓ８５８.３２　 　 　 文献标识码:　 Ａ　 　 　 文章编号:　 １０００￣４４４０(２０１７)０２￣０３７３￣０６ Ｃｌｏｎｉｎｇ ａｎｄ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｅｒｒｙ ｖａｌｌｅｙ ｄｕｃｋ ｏｌｉｇｏａｄｅｎｙｌａｔｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ￣ｌｉｋｅ ｇｅｎｅ(ＯＡＳＬ) ＢＩ Ｋｅ￣ｒａｎꎬ　 ＨＡＮ Ｋａｉ￣ｋａｉꎬ　 ＬＩ Ｙｉｎꎬ　 ＬＩＵ Ｑｉｎｇ￣ｔａｏꎬ　 ＺＨＡＯ Ｄｏｎｇ￣ｍｉｎꎬ　 ＬＩＵ Ｙｕ￣ｚｈｕｏꎬ　 ＨＵＡＮＧ Ｘｉｎ￣ｍｅｉꎬ ＹＡＮＧＪｉｎｇ ( Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ ＭｅｄｉｃｉｎｅꎬＪｉａｎｇｓｕＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ/ ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ ＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ａｎｄ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬＭｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ/ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒｆｏｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ ＢｉｏｐｒｏｄｕｃｔｓꎬＮａｎｊｉｎｇ ２１００１４ꎬＣｈｉｎａ) 　 　 Ａｂｓｔｒａｃｔ:　 Ｔｏ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｈａｒａｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｏｌｉｇｏａｄｅｎｙｌａｔｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ￣ｌｉｋｅｌｙ ｇｅｎｅ (ＯＡＳＬ) ｉｎ ｃｈｅｒｒｙ ｖａｌｌｅｙ ｄｕｃｋꎬｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃＤＮＡ ｏｆ ｄｕｃｋ ＯＡＳＬ ｇｅｎｅｗａｓｏｂｔａｉｎｅｄｂｙ ＲＴ￣ＰＣＲꎬ５′ＲＡＣＥ ａｎｄ３′ＲＡＣＥ ｍｅｔｈｏｄｓ.Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃ ｅｖｏ￣ ｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓꎬｐｈｙｓｉｃａｌ ａｎｄ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｃ