基于自编码器蛋白质结构重构-计算机技术专业论文.docxVIP

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苏州大学学位论文使用授权声明 本人完全了解苏州大学关于收集、保存和使用学位论文的规定, 即:学位论文著作权归属苏州大学。本学位论文电子文档的内容和纸 质论文的内容相一致。苏州大学有权向国家图书馆、中国社科院文献 信息情报中心、中国科学技术信息研究所〈含万方数据电子出版社〉、 中国学术期刊〈光盘版〉电子杂志社送交本学位论文的复印件和电子 文档,允许论文被查阅和借阅,可以采用影印、缩印或其他复制手段 保存和汇编学位论文,可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数 据库进行检索。 涉密论文口 本学位论文属 在 年月解密后适用本规定。 非涉密论文d 论文作者签名: 4 :在、守 日期: 20同州 导师签名z 安 111b 日期: 2o Is !?.- S ,飞 基于自编码器的蛋白质结构重构摘要 基于自编码器的蛋白质结构重构 摘要 I I 基于自编码器的蛋白质结构重构 摘 要 蛋白质是生物体内具有重要作用的一种生物大分子。 由于蛋白质的结构决定了 其功能,所以精确预测蛋白质的空间结构在生物制药和疾病研究领域都具有重大意 义。 本文设计了一种基于自编码器的蛋白质结构重构方法,使用与目标蛋白质序列 相似的同源蛋白质作为训练集,对已得到的目标蛋白质预测结构进行重构。 实验证 明,我们的方法能够对训练集蛋白质进行很好的重构,从而可以在一定程度上用于 采样新的目标蛋白质预测结构。 本文还探讨了同源蛋白质相似性程度和训练集数据量对新目标蛋白质结构重构 的影响,实验表明,训练集蛋白质与目标蛋白质相似性越高,目标蛋白质的重构质 量越好。 而训练集数据量越大却不一定会提高目标蛋白质的重构质量。 本文还尝试 性地将重构模型应用到蛋白质 - 肽段对接问题,初步的实验表明重构模型能够帮助 改善蛋白质 - 肽段对接的效率。 关键词: 蛋白质结构重构;自编码器;同源蛋白质;蛋白质-肽段对接 作 者: 朱添宁 指导教师: 吕 强 ABSTRACT ABSTRACT Reconstruction of Protein Structure Based on Auto Encoder I II Reconstruction of Protein Structure Based on Auto Encoder Abstract Proteins are biological macromolecules and play an important role in the life organisms. Because the structure of the protein determines its function, accurate prediction of protein structure are greatly signi?cant for in the bio-pharmaceutical and disease research. A method of protein structure reconstruction based on Auto Encoder is designed. It uses the homologous proteins which are similar to the target protein as the training data, and reconstructs the target protein decoys. Experiments show that, for the training set of proteins our methods are capable of good reconstruction, and could be used for sampling the decoys of the target protein. This paper also discusses how the degree of homologous protein similarity and the size of training set data relate to the target protein structure reconstruction. Ex- periments show that a higher similarity of target protein with training set of proteins, better the reconstruction. Further experiments show that huge size of training set data is not necessary.The reconstruction model i

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