工程合成生物构建技术2014---1.pptVIP

现代制药工艺学-生物制药工艺研究;现代制药工艺学-生物制药部分的基本要求;主要内容;工程生物 engineered organisms;1998-2002年，欧盟第五框架计划实施细胞工厂(cell factory)项目，其目的是全面了解应用微生物。 美国：生物学角度，最小基因组(minimized genome)是由一套生物生存必需的最小基因组成。 日本：2001年，从工业应用角度，具有最小基因组的工业微生物就是最小基因组工厂（minimized genome factory）。最小基因组工厂是具有工业生产必需基因，而非必需基因和有害基因已经被删除的微生物。它不仅简单，而且是又容易工业过程控制。 2002年创办国际刊物《Microbial Cell Factories》，报道微生物细胞作为重组蛋白、天然产物的生产者，或生物转化的催化剂等方面的研究进展和论文。 中国：2010年以后，人工细胞工厂，人工生物体系，人工生物系统;继人类基因组研究之后，生物领域一热门学科，是整体系统论生物学思潮在工程学领域的再现。 ;1911：《柳叶刀》，出现“合成生物学” 2000年以后，迅速发展，注意力转向该领域 2004年（MIT）Technology??Review，合成生物学评为“将改变世界的十大新技术”之一 2004年开始，全球iGEM比赛（大学生遗传机器作品） 2004年6月：MIT，第1届合成生物学国际会议(SB 1.0) 2005年5月：UC伯克利,SB 2.0；2007年6月，瑞士，SB 3.0 2008年10月：香港，SB 4.0；2011年6月: Stanford U,SB 5.0 2013年7月，英国伦敦，SB 6.0 2012年，ACS Synthetic Biology;2002年Cello 等合成脊髓灰质炎病毒的cDNA（Science, 2002，297：1016-1018）， 2005年Endy等合成噬菌体T7基因组（Mol Systems Biology，2005，1：1-10） 2007年Craig J.Venter研究所（CJVI）实现了基因组的物种间人工移植（Science，2007，317:632-638） 2008年该所人工全合成了生殖衣原体细菌基因组（Science, 2008，319：1215-1220） 2009年利用酵母对克隆的基因组进行工程化组装（Science, 2009，325:1693-1696）， 2010年CJVI合成活细菌 2011年合成酵母染色体臂 2014年，合成酵母III号染色体;从头合成DNA的里程碑事件;合成生物学;类型;1、基因元件 基因（生物）元件：具有某种特定的生物学功能的DNA，是设计和合成生物的基本单位。 特性：信号接受和输入功能，信号发送和产物输出功能，调节信息流、代谢和生物合成的功能，和其他元件相互作用，具有特定的工作环境。 功能元件：编码1个/组生化反应酶功能基因/基因簇；编码组成细胞组分蛋白质的基因 界面调控元件:包括功能基因转录、蛋白质翻译与修饰、功能酶反应等的调控基因。;基因元件的图形编码-制图;生物部件：由一个或多个基因元件组成 最简单的能行使催化功能的生物部件是完整的编码酶基因表达盒。;生物模块是一组细胞内区域化的生物部件，由内在功能联系在一起，执行特定的复杂功能。 如代谢途径、信号转导途径、调控途径等。 模块：通过某种（逻辑/功能）关系把生物元件连接而成 与电子科学中的电路类似，在合成生物学，不同功能的生物砖联接后，能像电路一样运行，形象地称为基因线路（genetic circuit）。 按功能分为:代谢线路,调控线路,信号线路等;Endy D提出了合成生物学设计的工程策略：标准化、解耦联和抽提。 标准化：确立基本生物元件的方法、对生物功能的定义和特征描述。 解耦联：复杂系统解分成具有独立功能的简单组分。 抽提：建立元件和模块的层阶。;抽提：一个反应对应一个酶，一个酶对应一个基因。 功能模式：基因表达调控的操纵子模型。 优化：功能基因密码子、启动子、核糖体结合位点。 适合于不同宿主表达的生物元件。;生物砖构建基因电路的困难是，把相同功能的不同生物来源的生物砖集成基因电路后，不一定具有功能。 优化方法可以是基于数学模拟的理性设计，也可以是生物元件的直接进化。;iGEM（International Genetically Engineered Machine）竞赛，在美国麻省工学院（MIT）收集每年参赛者贡献的生物元器件，建立了标准生物元件库（Registry of Standard Biological Parts）()。 经过10年的收集，该文库的元器件以BBa为字头，容量已达到约2万个。;数据库RegulonDB中，大肠杆菌天然操纵基因中有1