六种不同文库制备试剂盒用于FFPE样品外显子序列捕获应用-Agilent.PDF

应用简报 六种不同文库制备试剂盒用于 FFPE 样品外显子序列捕获应用的比较 作者 摘要 Jesse D. Luce、 外显子组测序和靶向基因组合测序是常用的新一代测序 (NGS) 方法，用于鉴定和表 Prashant K. Singh、 Sean T. Glenn 征科研与临床样品（如癌症样本）中的不同基因突变。基因组合靶标设计、实验室 罗斯威尔帕克癌症研究所 处理操作和生物信息学分析等许多因素都会影响变异/ 畸变检测的灵敏度和准确性。 肿瘤遗传学与基因组学系 本文展示相同 FFPE 样品在多个供应商的六种不同文库制备试剂盒中得到的对比结 美国纽约州布法罗 果。在 100X 原始测序深度下，Agilent SureSelectXT HS 文库制备试剂盒在四个关键指 标上表现出最佳性能，即在靶率、平均读出序列深度、20X 读出序列深度下的靶标 Josh Zhiyong Wang、 碱基覆盖率以及捕获前文库产率。供应商 A 试剂盒在 20X 读出序列深度下的靶标碱 Bahram Arezi、 基覆盖率和捕获前文库产率两个指标中排名第二；供应商 E 在在靶率和平均读出序 Bilan Hsue 列深度两个指标中排名第二。总体来说，Agilent SureSelectXT HS 试剂盒的性能优于评 安捷伦科技公司 估的其他 5 种试剂盒。 美国加利福尼亚州圣克拉拉 前言 检测 DNA 样品中出现的遗传变异是基础与临床研究中至关重要的一步。靶向测序和 外显子组测序是研究具有复杂突变谱样品（如肿瘤样品）的重要工具。聚焦于与疾 病或表型相关的选定基因或基因区域，可使研究人员以更经济的方式进行更深度的 测序。 在不同的靶标序列捕获工作流程中，杂交型靶向序列捕获可提供极大的灵活性和高 质量的测序数据。标准靶标序列捕获工作流程包括捕获前 DNA 文库制备、目标区域 的杂交捕获以及捕获后 PCR ，以产生足够的测序文库。为最大限度提高杂交捕获效 率，捕获前文库必须具有高产率和高复杂度。不同的市售文库制备试剂盒利用不同 的酶、试剂和工作流程来优化捕获前文库制备效率。 XT HS 1 Agilent SureSelect 文库制备试剂盒 专门针对完整样品和 数据分析 FFPE 样品进行了优化，分析周期为 8 小时，DNA 起始量低 将过滤后的读出序列归一化至六千万个读出序列，达到 100X 至 10 ng。分子条形码功能可准确灵敏地检测低频等位基因变 的测序深度，然后用 BWA 比对工具将其映射到参考人基因组 异。最近一项研究表明，SureSelectXT HS 工作流程能够实现高 (hg19)。三个文库未能产生六千万个读出序列，其中包括使用 2 灵敏度（检测极限约为 0.1%）和易定制化的 ctDNA 测序。 供应商 A 的 FFPE2 和使用供应商 C 的 FFPE3。采用 bedtools (http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/