分子力学的概念和方法.pdf

中科院研究生物理有机化学课程，2016年12月 第六讲 分子力学的概念和方法 授课教师：王任小 研究员 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry 授课提纲 一．分子力场的概念 (chapter 2.6)  力场能量函数的构成  简化的分子力场 二．构象分析方法  结构优化方法  构象采样方法  构象聚类方法 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 2 参考教材 Eric V. Anslyn, Dennis A. Dougherty, Modern Physical Organic Chemistry, University Science Books, Sausalito, California, 2006. 补充参考教材： Andrew R. Leach, Molecular Modeling: Principles and Applications , 2nd Ed., Prentice Hall, 2001. 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 3 I. Introduction to Molecular Mechanics 结构 性质 Structure Property 能量 Energy Quantum Mechanics Molecular Mechanics (量子力学) (分子力学) 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 4 VBT or MOT? 价键理论 分子轨道理论 HOMO-2 LUMO HOMO 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 5 A Brief History of Molecular Mechanics  1930年：D. H. Andrews 提出 分子力学的原始思想  1940s-50s ：分子力场模型的初步建立以及发展  1970s-80s ：分子力场开始用于研究蛋白质和核酸分子  1982 ：出版了第一本关于分子力学的专著 Molecular Mechanics, by U. Burkert and N. L. Allinger Prof. Norman L. Allinger 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Insti