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迪康⾦诺NGS应⽤交流会
宏基因组研究在肠道微⽣物中的最新研究应⽤
报告⼈：樊⽟才
2014.06
组织单位：
江苏省⽔产动物营养重点实验室
南京迪康⾦诺⽣物技术有限公司 1
⼤纲
什么是宏基因组研究
宏基因组研究的分析流程
宏基因组研究的相关应用
2
什么是宏基因组研究？
⽆需培养，直接从环境样品中提取全部微⽣物的DNA,结合⾼通
量测序来研究样品中的微⽣物组成及群落功能。
3
宏基因组研究热点
MetaHIT
• Metagenomics of Human Intestinal Tract
• ⼈类肠道宏基因组计划
• HMP
• Human Microbiome Project
• ⼈类微⽣物组计划
• GOS
• Global Ocean Sampling expedition
• 全球海洋调查
EMP
Earth Microbiome Project • 地球微⽣物计划
4
宏基因组研究的分析流程
提取环境样本DNA
获取测序数据
⽣物信息学分析
5
提取环境样本DNA
宏基因组测序:
• 浓度≥50ng/ul; PowerWater® DNA Isolation Kit
• OD260/280:1.8-2.0;
• DNA两次需要量:≥3ug
PowerSoil® DNA Isolation Kit
PowerFecal® DNA Isolation Kit
6
⽣物信息分析（⼀）数据质控
对测序数据的客观评价
数据质量 GC含量
1)去除接头污染和低质量数据
2)去除宿主污染
7
⽣物信息分析（⼆）：物种组成(16S/18S/ITS)
1
2
1:物种丰度
2:样本聚类
8
⽣物信息分析（⼆）：物种组成(16S/18S/ITS)
多样性曲线 PcoA
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