课件：SYBYL软件与计算机辅助药物设计演示课件.pptVIP

Biopolymer模块是生物大分子研究的平台，能够构建各种大分子结构，读写PDB分子，采取各种形式进行结构的显示,如图是a 碳空间走向,当然也修改结构，进行MUTATION,进行全局和SUBSTRUCTURE的能量的优化等等。 COMPOSER是生物大分中的同源模建模块,如果未知蛋白同已知已知三维结构的蛋具有超过30%的序列同源性,COMPOSER能够根据已知蛋白的结构来构建这个我们未知的蛋白结构. 当同源性低于30%,不适于同源模建,GENEFOLD能够用反向折叠的方法,预测蛋白结构的空间走向,最终可以自己构建或者在COMPOSER的帮助下构建蛋白的结构 PROTABLE是蛋白结构分析的模块,使用表格和图形相结合的方法对蛋白结构中不合理侧链,二面角进行调整,对于实验方法获得的结构比如核磁或者X衍射,以及理论构建的方法获得的结构都能够加以修正. 在对靶点和结合腔进行了详尽的了解后，通常最直接的方法就是进行分子对接，虚拟筛选。 这是FLEXX的一个示意,它采取了核心加侧链的方式进行对接.首先自动分析分子中的核心基团,将核心以合理的方式放置到结合腔,几何和能量的匹配都要zhengque,然后再调整侧链的坐标和角度二面角,充分考虑分子的柔性. 这是FLEXX的一个验证实例,靶点是唾液酸酶.图中蓝色,黄色的飘带是蛋白的结构,绿色的是结合腔附近的氨基酸,青色的是X衍射中配体结构的结构,彩色的是FLEXX计算的配体 这是虚拟筛选的整个过程，对一个含有200万个分子的数据库，他们首先采取了DOCK程序进行了粗筛，挑选出的1%-10%分子用Flex X进行细筛。 这幅图是PPAR? 与其中的一个苗头化合物的的共结晶 另一个与数据库相关的是虚拟组合化学，设计高质量的虚拟化合物库目前相当热门。生成虚拟库后，分子多样性分析的模块能够对设计的组合库进行数据降维，帮助得到一个更小的，更具有代表性的化合物库。 Legion/CombiLibMaker在生成虚拟组合库的时候可以有两种模式，一种是简单的核心加侧链的形式，另一种是根据实际的组合化学反应生成。下面的这个例子就是根据实际的组合化学原理设计的组合库。 而DiverseSolutions能够根据计算得到的多种不同的描述符将分子空间划分成cell，每一个cell中选中一个分子，保证分子的差异性。在一个优秀的小虚拟库内不但能够找到更好活性更好的化合物，而且为QSAR和药效团的总结和修正提出更多的信息。相信Sybyl的虚拟组合库和多样性分析工具一定能助您一臂之力。 DiverseSolutions - Diversity Selection Cell based divide space into cells - pick a compound form each Compound Diversity and CombiChem BCUT1 BCUT2 Thanks! THANK YOU SUCCESS * * 可编辑 这是SYBYL/UNITY软件包的所有的模块的列表,目前大概有50个模块,每年都会有新的模块推出,上个月就推出了两个模块,目前我们还没有拿到新模块的详细资料,所以不会在下文中进行介绍了. 首先给大家一个直观的印象,这是Sybyl软件的基本界面。从图中我们可以看到界面分成上下两个部分，上面是图形界面，用鼠标直接操作菜单。下部分是命令行界面，提供给熟练的用户用命令操作或者是使用SPL语言编写的脚本。Sybyl使用单一界面，基本上所有软件模块都在这个统一的平台上运行，学习起来相对简单，能够让科研人员把主要的精力放在药物研究方面，而不是软件的学习。接下来我将结合一些实例向大家介绍sybyl软件模块。 = 首先介绍Sybyl的生物大分子模块系列，包括以下八个模块,这些模块能对三维结构已知的大分子进行修正和能量的优化,对三维结构未知的大分子进行同源模建或者是反向折叠预测,对结构进行合理性分析，对结合腔的位置进行确定。 后两个模块LEAPFROG,RACHEL是基于大分子结构的从头设计软件模块, 药效团分析模块的应用 3D database queries and molecular alignments H-bond Donor H-bond Acceptor Hydrophobe H-bond Donor H-bond Acceptor Hydrophobe x1,y1,z1 x2,y2,z2 x3,y3,z3 x4,y4,z4 x5,y5,z5 Spatial query - pharmacophore points specified by x,y,z D1 D2 D3 D4 Distance query - pharmacophore specified by interfeat