魁蚶微卫星富集文库的构建及四个地理群体的遗传多样性分析-水产养殖专业论文.docxVIP

魁蚶微卫星富集文库的构建及四个地理群体的遗传多样性 分析 摘 要: 本文以魁蚶(Scapharca broughtonii)为实验材料，采用磁珠富集法构建魁蚶微卫 星序列基因组文库，经过优化 PCR 反应筛选分离出 48 对扩增条带清晰稳定，多态 性较高的微卫星标记。选取其中 20 对引物分析了魁蚶的 4 个地理群体（日照、蓬 莱、黄岛、韩国）间的遗传多样性、遗传分化及遗传距离等。论文的主要研究结 果如下： 1.利用磁珠富集法筛选魁蚶微卫星标记，并对所得标记进行了分析。通过 MspⅠ酶切魁蚶基因组 DNA，收集 400-1200bp 的片段，通过生物素标记的寡核苷 酸探针(AC)15、(AG)15 捕捉含有微卫星序列的 DNA 片段，然后连接到 pMD18-T 载体中，转化至 TOP10 大肠杆菌中，构建魁蚶微卫星序列富集文库。随机选取 890 个菌落，经菌落 PCR 检测阳性克隆，筛选出 295 个阳性克隆进行测序，结果 208 个含有微卫星序列。其中完美型 147 个，占 70.7%，非完美型 35 个，占 16.8%， 混合型 26 个，占 12.5%。重复次数 5~31 次，重复单元以 AG、AC 为主。利用软 件共设计出 140 对微卫星引物，其中能扩增出稳定条带的 102 对，表现为多态性 的 48 对。 利用 30 个魁蚶对筛选出的 48 个微卫星标记进行多态性分析和遗传信息的评 价，共获得了 375 个等位基因，不同位点获得的等位基因数目从 2～14 个不等， 平均每个位点获得 7.8 个等位基因。观测杂合度、期望杂合度及多态信息含量(PIC) 的范围分别是 0.1034~0.9655，0.1831~0.9208，0.1638~0.8946，结果表明所筛选的 微卫星标记大部分具有较高的多态性。 2.从筛选的 48 对多态性标记中选取 20 对微卫星引物，对中国日照、蓬莱、黄 岛和韩国的 4 个魁蚶群体进行遗传多样性分析。共扩增得到 196 个等位基因，不 同引物等位基因数为 5～17，平均等位基因数为 9.8，平均有效等位基因数为 7.3540。 计算各位点的多态信息含量（PIC），20 个位点在 4 个群体中 PIC 值介于 0.6720~0.9224 之间，平均值为 0.8357，均大于 0.5，呈高度多态性，表明各位点在 I II II 魁蚶群体中均表现出高的遗传多样性水平，所选微卫星引物可以用于群体间的遗 传关系鉴定。 各群体平均观测杂合度(Ho)范围在 0.7039~0.8265 之间，平均期望杂合度(He) 范围在为 0.8333~0.8524 之间；20 个位点在 4 个群体中反应的杂合度有所差异，位 点 KH-42、KH-43 在群体中的观测杂合度最高，为 0.8974，位点 KH-26 在群体中 的观测杂合度最低，为 0.5741。位点 KH-26 在各群体中均显著或极显著偏离 Hardy-Weinberg 平衡，除部分位点分别在不同群体中出现显著或极显著偏离外，其 余位点均符合 HW 平衡。 群体间遗传分化指数 Fst 在 0.0132~0.0314 之间，黄岛-韩国群体分化最大 (0.0314)，日照-黄岛群体分化最小(0.0132)。4 个群体的遗传分化指数均小于 0.05， 表明各群体间的遗传分化为低度分化。通过计算遗传相似性指数和遗传距离表明， 魁蚶 4 个群体间遗传相似性指数为 0.7821~0.8820，遗传距离为 0.1255~0.2458。其 中，日照群体和黄岛群体遗传相似性指数最高，为 0.8820，遗传距离最近，为 0.1255; 黄岛群体和韩国群体遗传相似性指数最低，为 0.7821，遗传距离最远，为 0.2458。 基于群体间遗传距离构建 UPGMA 聚类分析树，显示日照群体和黄岛群体最先聚 类，两群体间亲缘关系最近，再与蓬莱群体聚类，最后与韩国群体聚类，说明中 国群体与韩国群体亲缘关系较远。 本研究开发的微卫星标记及群体分析所得数据为后续魁蚶遗传育种、种质资 源保护、种群遗传多样性、遗传连锁图谱的构建和 QTL 定位等研究工作提供基础 资料，为最终实现魁蚶的分子标记辅助育种奠定了一定的基础。 关键词: 魁蚶，微卫星，磁珠富集法，遗传多样性，遗传距离 III III Construction of Microsatellite-Enriched Library and Genetic Diversity in Four Populations of Scapharca broughtonii ABSTRACT Genomic microsatellite library is constructed on Scapharca broughtonii u