国内第一MS（material studio）学习实例新手第一步必看materials studio 材料学 分子模拟.docVIP

Materials studio 使用笔记 使用materials studio 首先建一个project （当然也可以打开一个之前的project啦） 这里将之命名为NaCl.stp 按OK完成新建project操作。 以下是新建project后的materials studio UI界面： 这里有几个重要的窗口，可分为这三类：一、job，己完成的、正在跑的；二、project，各种输入与输出文件，可以查看结果、修改输出入的相关设定；三、property，材料的原子及电子结构3D模型等物性数据，例如晶体晶胞边长、原子元素种类等等。从Veiw的Explorer可见：jobExploroer、project exploroer、property explorer。 job explorer显示运行的job，近端远程的状态都可以显示。 project explorer默认值是开着的，project的相关对象，如文字输出、3D结构等等，job相关的目录、文件等。 property explorer，在MS相对Cerius2而言是新的东西。只要是3D对象有呈现的状况之下，可以直接在上面显现出各种可以看得见的特性还有可以改得了的选项。 现在，我们需要一个晶胞结构，用于演示CASTEP计算。这个结构可以是import 的，也可以是自己手动建立。Import方式可以通过File-import,导入structure内建的结构。手动建立方式如下： 先建立一个3D atomistic Document,方式如上但不限于以上，还有其他几种方式各位按习惯选择。 建完后： Build-crystal-Buildcrystal 此时会打开Build crystal 对话框如下， 根据icsd查询的NaCl晶体参数，输入进去：space group：225 显示出NaCl的FM-3M结构 Attice parameter 填写晶格常数，比如a,b,c及三个角度值 这里，钠的a=b=c=5.64 Options里基本只要用预设值即可 按apply或Build即可生成晶格模型 添加原子方式很多，这里也仅取一种方便的方式如下 选择Na和Cl原子，钠的abc选0，Cl选0.5如下， 分别按add,完成原子的添加，完成后三维图如下，是因为没有进行旋转，此时选工具旋转，即可得到从别的角度看见的三维图 更改三维显示方式可以在三维图上单击右键，在弹出的菜单中选display style设置3D格式，如atom中我选择stick等 就产生了形状的模型。 当然，上述右键菜单还有label菜单可以加入一些标签来标明各个原子等等。 此时做出来的晶胞并不是premitive unit cell(最简单的晶体结构)，可以在Build-symmetry-premitive cell ，这样，计算时可以大大节约时间 选择后产生如下结构 接下来是应用CASTEP来计算，操作如下 弹出对话框 electronic选单控制计算精确度，点里面的more按钮弹出electronic option选单，有basis、kpoint、scf、potentials等选项，可以设置来增加计算效能。 在scf这里勾选fixoccupency。fix occupency只能用在绝缘体，可以节省绝缘体的计算时间，不然它会当作金属来算。 这个选单里面有许多属于专家级的微细调控，当末来你所需要的精确度跟你所能允许的计算时间性能要有一个权衡的时候你就要靠这些相关数值的调控来做到花最少时间来做到最精密的计算。 重要的一点现在我们来到 property 这里，刚刚在 setup 选项里面选了 tasks 的 energy，那么在 property 里进可以进一步指定我要附加计算哪一些特性： 比如说 能带结构 density of state 光学性质 有与趣可以试试不同种类计算。注意，phonon dispersion 跟 phonon density of state相当耗时间， pc 机有可能需要计算三两天甚至一两周，看你不同的晶胞大小；其它都还算是比较不会太费时。 现在为了示范光学计算，只选择能带结构，态密度跟optical property ，其中态密度这个部份我进一步还要选择要求计算投影态密度，projected density of state ，那这个其它的就用默认值。 在job control里gateway location指定在哪一台计算机运行；选my computer在本机运行； 为了将来管理方便最好自己指定job description名称。把automatic的勾取消掉，取名称NaCl，然后就可以按底下的run。如果是在远程的机器上运行，如果勾选more选