2013非编码RNA培训班.pdf

人类长非编码RNA芯片设计和 数据分析 陈小伟 非编码核酸实验室 中国科学院生物物理研究所 2013.11.20 目 录 • 芯片设计 – LncRNA的系统发现 – LncRNA常用数据集 – LncRNA序列的收集整理 – LncRNA的分类 – LncRNA探针设计 • 数据分析 – 数据分析流程 – 芯片内标准化 – 芯片间标准化 – 差异表达基因分析 – 多重假设检验假阳性率校正 芯片设计 LncRNA的系统发现 高通量技术 • Microarray – Tiling Array • High-throughput Sequencing – ChIP-Seq – RNA-Seq Rinn and Chang, 2012 芯片设计 LncRNA常用数据集 LncRNA数据集 lncRNA数量 NONCODE 33,829 GENCODE 23,105 Human lincRNA Catalog 14,353 lncRNAdb 118 RefSeq 4,814 UCSC Genes 5,596 H-InvDB 1,038 lncRNAs from HOX loci 962 lncRNAs from ultraconserved regions 407 芯片设计 LncRNA芯片数据来源 Sources CBC lncRNA V1 CBC lncRNA V2 CBC lncRNA V3 GENCODE/ENSEMBL - 12754 22444 Human LincRNA Catalog - 8195 14353 RefSeq 4765 4765 4814 UCSC 13521 13521 5596 NRED 1289 1289 13701 H-Inv