分子进化（华大基因）.ppt

分子进化常用方法 华大基因：郑洪坤 zhenghk@ 大纲 理论背景 分子进化简介 神秘的进化 物种基因组数据 比较基因组学发展 常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法 选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 大纲 理论背景 分子进化简介 神秘的进化 物种基因组数据 比较基因组学发展 常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法 选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 大纲 理论背景 分子进化简介 神秘的进化 物种基因组数据 比较基因组学发展 常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法 选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 大纲 理论背景 分子进化简介 神秘的进化 物种基因组数据 比较基因组学发展 常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法 选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 SNP的分类 位点的分类 检测序列的功能性（funcional or pseudo） 筛选正在快速进化的基因（rapid evolution） Ks可以反映事件发生的时间（age） 大纲 理论背景 分子进化简介 神秘的进化 物种基因组数据 比较基因组学发展 常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法 选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 Polyphred Pipline 程序在edit_dir目录下运行: Sudophred STK6_5（构建虚拟峰图等）to generate fake chromat, PHD and POLY files from DNA sequences in FASTA format options: -q [quality] -r -abi -h -v phredPhrap -new_ace -view -forcelevel 1 phrap.out（序列组装） polyphred -ref STK6_5 -ace -indel [-q 25 -w 20] -output stk6_5.snp.out（检测snp） Polyphred snp输出格式 BEGIN_MESSAGE BEGIN_HEADER POLYPHRED Version 5.01 Build 2005.06.10 POLYPHRED_THUMBPRINT 1133887737 TIME 06/12/05 16:48:57 CURRENT_DIRECTORY /disk5/team08/conglj/Merck/analysis/STK/stk6_5/edit_dir/ END_HEADER BEGIN_COMMAND_LINE -dir /disk5/team08/conglj/Merck/analysis/STK/stk6_5/ -ace stk6_5.fasta.screen.ace.1 -score 70 -quality 25 -window 20 -tag genotype -ref STK6_5 END_COMMAND_LINE BEGIN_CONTIG Contig2 REFERENCE STK6_5.REF.scf BEGIN_POLY 465 0 TGGTTTTACA C T GAAGAGTTTG 99 570 26 TAGACTGTAT A G GTTATTTCCA 99 745 0 TCCATAGCAA C T GTACCTTTCA 89 END_POLY 。。。continue Polyphred snp输出格式 BEGIN_GENOTYPE 465 0 19 merck_stk6_5f_02_A05.ab1 C T 74 465 0 20 merck_stk6_5f_04_C12.ab1 C C 83 …… 570 26 198 merck_stk6_5r_07_G02.ab1 A G 99 570 26 126 merck_stk6_5f_07_G02.ab1 A G 99 …… 745