本草基因组方法学研究元.PDF

世界科学技术—中医药现代化 专 论 本草基因组方法学研究元 元元 阴陈士林 何 柳 刘明珠 钱 俊 闫海霞 中国医学科学院 药用植物研究所 北京 100193 ） 北京协和医学院 程翔林 中国生物技术发展中心 北京 100036） 钱忠直 国家药典委员会 北京 100061） ： （ 要 本草基因组计划 HerbGP ）是针对具有典型代谢途径和重大经济价值的药用植物进行的 全基因组测序和后基因组研究的系列计划。本文全面介绍物种基因组大小、染色体数目测定方法和第 、基因组比较等生物信息学分析手段， 二代高通量测序方法，以及全基因组组装和基因组注释 并简要 阐述重测序在药用植物全基因组研究中的应用方法。本草基因组计划的实施，将促进现代科学最新技 术和方法在中药研究中的应用，使中药学研究位于生命科学的最前沿。 关键词：本草基因组计划 基因组大小 染色体数目 高通量测序 重测序 doi: 10.3969/j .issn.1674-3849.2010.03.001 [1 ~4] 2010 年中国医学科学院药用植物研究所等提出 植物转录组分析结果 ，开展药用植物后基因组学 本草基因组计划 Herb Genome Program ），宣布将完 研究。以人参、丹参、灵芝、茯苓等为代表的本草基因 成人参、丹参、灵芝、茯苓等多种本草的全基因组测 组计划将为中医药 代化开辟新的视野与思路，提 序工作，这将为中药科学研究开拓新的基础平台，为 供新的研究与分析平台，对其他药用植物的研究具 开展本草功能基因组学、蛋白组学、代谢组学、遗传 有很好的借鉴和示范作用。本草基因组计划的实施 代谢工程和分子遗传育种等研究奠定基础，使选育 和完成将会对中药研究与发展产生深远影响。 高品质、高产量、抗胁迫的药用植物，建立 代中药 一、中药植物及药用真菌染色体数目及基因组 有效成分生物工程体系成为可能。 大小的确定 本草基因组计划将采用第二代高通量测序技术 对药用植物全基因组进行测序和研究，充分发挥不 部分药用植物在形态上区别并不明显，为了确 同测序平台的优势，实 不同平台数据的相互补充 保测序物种的准确性，在开始正式测序以前，必须对 和校正，从而获得高质量、高精度的多种药用植物全 本草进行分子水平的鉴定。多项研究发 ITS2 是适 基因组框架图，结合已经获得的人参、西洋参等药用 合药用植物鉴定的分子标记[5 ~8] 。然后，必须对待测药 用植物基因组大小进行估测。目前，国内外普遍采用 ： 收稿日期 2010-06-02 流式细胞术和脉冲场电泳这两种基因组估测方法。 ： 修回日期 2010-06-12 （ ：陈士林。 元 国