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利用SSR标记研究几个玉米改良系的类群划分
摘要:利用SSR标记从分子水平上对来源于先玉335杂交种、6WC×郑58和PH6WC×郑58×E003基础群的4个改良系以及13个国内骨干自交系,进行遗传关系类群划分。UPGMA聚类分析结果表明,17个自交系可划分4类群,第Ⅰ类群为Reid群,改良系J1207、J1401、8W131、J2067均属于Reid群,B73、6WC、掖478亦属此群;第Ⅱ类群包括两个亚群:丹340、8F1658属旅大红骨亚群,齐319、J666属PN亚群;第Ⅲ类群是No-Reid群,包括Mo17、B1M、4CV;第Ⅳ类群是塘四平头群,包括黄早四、昌7-2。
关键词:玉米;改良系;SSR标记;聚类分析
中图分类号:S513文献标识码:A文章编号:1674-0432(2013)-08-17-2
基金项目:吉林省科技发展计划项目
玉米育种主要利用杂种优势,玉米杂种优势群的准确划分和杂种优势模式的合理确立,是选育优良组合的前提[1]。通过种质扩增、改良和创新选育出的新自交系[2],要进一步利用,就必须进行种质类群的划分。育种者对杂种优势类群和杂优模式采用多种方法进行过系统研究[3],其中SSR标记技术是一种较为简单快捷的方法[4]。
本试验利用SSR分子标记技术对4个改良系(是对国外种质与国内种质在本地生态环境下的种质改良选育出的,其中J1207、J1401来自先玉335杂交种,8W131来自6WC×郑58基础群,J2067来自PH6WC×郑58×E003基础群)及13个国内骨干自交系进行遗传分析,估算遗传距离,划分杂种优势类群、预测杂种优势的可行性,为分子标记辅助育种提供理论依据,指导如何利用外引玉米材料选育改良优良自交系,组配强优势组合。
1材料与方法
1.1试验材料
试验选用的17份玉米自交系材料,其名称、来源及编号见表1。
1.2实验方法
1.2.1基因组DNA提取
玉米材料基因组DNA提取参照Rogers的CTAB提取法[5]。用紫外分光光度仪根据OD值测定DNA浓度,把DNA浓度统一调至10ng/L备用。
1.2.2SSR分析
SSR引物是选用分布于玉米10对染色体上的20对SSR引物,由上海生工合成。PCR总反应体系为20ul,包括说上下游引物各0.125ul,10×Buffer(含Mg2+)2ul,Tag酶0.2ul,4种dNTP共1.2ul,DNA模板2ul,不足部分由ddH2O补充。热循环反应过程包括:94℃模板DNA预变2min,1个循环;94℃模板DNA变性30sec,58℃引物与模板靶位点结合1min,72℃引物沿模板延伸1min,共35个循环;最后在72℃延伸5min,4℃保存。PCR扩增产物用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在1×TBE缓冲液中电泳,80W恒功率2h,银染检测。
1.3数据统计分析
根据SSR扩增结果,在相同迁移位置有带记为1,无带记为0,缺失记为9,建立数据库。聚类距离按Nei和Li的方法[6],计算自交系间的遗传相似系数(GS)和遗传距离(GD)。利用DPS统计软件[7],采用类平均法(UPGMA)进行聚类分析,构建树状图。
2结果与分析
2.117份玉米自交系SSR标记遗传距离分析
20对SSR引物在17份米自交系间进行SSR检测,一共有16对引物扩增出了产物,扩增效果良好,如图1、图2。16对引物共检测出67个等位基因变异,每对引物检均能测出3~6个等位基因,平均为4.19个。根据SSR扩增结果得出的数据,计算17份玉米自交系间的遗传距离,遗传距离变化范围为0.196~0.747,平均值为0.69。其中,遗传距离最小的是郑58与改良系8W131,仅为0.196;其次为改良系J1207与6WC,遗传距离是0.235;第三为改良系J2067与郑58,遗传距离是0.298,第四为改良系J1401与6WC,遗传距离是0.301。
2.217份玉米自交系聚类分析
根据遗传距离矩阵,应用类平均法(UPGMA)方法,进行聚类分析,得到了17份玉米自交系的聚类分析图(图3)。
根据SSR聚类树形图,可看出,以遗传距离0.70为标准,可将17份玉米自交系划分4大类群:
第Ⅰ类群统称为Reid群,包括8个自交系,可细化为两个亚群:第一个亚群是以B73为代表的Reid群,6WC、J1207、J1401属于这个亚群;第二个亚群是以掖478为代表的改良Reid群,郑58、J2067、8W131属于这个亚群。
第Ⅱ类群有8个自交系,包括两个亚群:丹340、8F1658属于第一个亚群旅大红骨类群,齐319和J666属于第二个亚群PN类群。
第Ⅲ类群是
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