NCBI资源的使用及进化树的构建.pptVIP

序列搜索，比对以及进化树的构建 NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 美国国立生物技术信息中心 NCBI负责管理GenBank。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列。 GenBank与日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan, DDBJ）以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（European Molecular Biology Laboratory, EMBL），所有这3个中心都可以独立地接受数据提交，而3个中心之间则逐日交换信息，并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。因此他们是相等的。 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)即碱基局部对准检索工具，是一种序列类似性检索工具。它采用统计学记分系统，能将真正配对的序列同随机产生的干扰序列区别开来；同 时采用启发式算法系统，即采用的是局部对准算法(Local Alignment Algorithm)，而不是全序列对准算法(Global Alignment Algorithm)。 Blast是通过比对(alignment)在数据库中寻找和你的查询序列(query)相似度很高的序列。通俗地说就是在已知的序列数据库中找