课CO吸附在Pd面中科大materialsstudio课件.pptVIP

课8-CO吸附在Pd(110)面(1)-中科大-materials studio;CO吸附在Pd（110）面 ;本指南包括： 1．准备项目 2．最优化Pd 3．构造和优化CO 4．构造Pd(110) 面 5. RELAXINGPd(110)面 6．添加CO到1x1Pd(110)，优化此结构 ;1．准备项目 选一路径，建立一个CO-Pd文件夹。然后按下列操作， 在CO-Pd文件夹中生成CO-Pd的Project。;;2．最优化bulk Pd ; ; 把Task从Energy改为Geometry Optimization，按下More...按钮，在 CASTEP Geometry Optimization对话框中选中Optimize Cell选项。按下Run键。出现一个关于转换为原胞的信息框，按下OK。 ;工作递交后，开始运行。结束后出现如下信息。;工作完成后，我们保存项目，选择File | Save Project。然后在Project Explorer中打开位于Pd CASTEP GeomOpt文件夹中的Pd.xsd，显示的即为Pd优化后的原胞结构。由下面步骤恢复Pd优化后的晶胞结构。;在左侧的Properties中选择Lattice 3D，从中可以看到优化后的晶格参数大约为3.95 ?，其而其实验值为3.89 ?。 ;现在我们应该进行下一步操作，构造CO分子。; ;;从工具栏中选择CASTEP 工具，然后选择Calculation。 ;;出现如下信息，表示CO优化成功。; 计算开始，我们可以进行下一步操作。 4．构造Pd(110).面 下面我们将要用到从Pd bulk中获得的Pd优化结构。 从菜单栏中选择File | Save Project，然后在选中Window | Close All。在Pd bulk/Pd CASTEPGeomOpt文档中打开Pd.xsd。 ;创建表面分为两个步骤。第一步是劈开表面，第二步是创建一个包含表面的真空板。 从菜单栏中选择Build | Surfaces | Cleave Surface。;把the Cleave plane (h k l)从（-1 0 0）改为（1 1 0），然后按下TAB键。把Fractional top增加到1.5，按下Cleave按钮，关闭对话框。;此时，显示出一个包含有二维周期性表面的全新的三维模型文档。 由下列操作可显示更大的表面范围。;;尽管如此，CASTEP要求有一个三维周期性的输入体系。我们可以Vacuum Slab工具来获得。 在菜单栏中选择Build | Crystals | Vacuum Slab，把Vacuum thickness从10.00改为8.00。按下Build键。;则结构由二维变成三维，把真空添加到了原子上。; ;; 从菜单栏中选择View | Explorers | Properties Explorer，选择FractionalXYZ中X=0.5，Y=0.5 的Pd原子。注意从XYZ属性中所获得的Z的坐标值。 ;Z的坐标值应为1.396 ?，此既???原子层间的距离。 ; 在3D模型文档中单击以取消所选中的原子。右键单击选择Display Style，在Atoms标签的Coloring部分，把Color by选项改为Constraint。3D模型文档显示如下： ;从菜单栏中选择File | Save As...，把它导引到Pd(110)文件夹中，按下Save按钮。对(1x1) CO on Pd(110)文件夹也重复此操作，但是这一次把文档的名字改为(1x1) CO on Pd(110)。再选择File | Save Project，然后再选择Window | Close All。 ;;5．弛豫Pd(110)面 ; 为了维持我们想要完成的计算的连贯性，我们应该更改Electronic标签中的一些设置。 ; 我们还应该计算此体系的态密度。 选择CASTEP Calculation对话框中的Properties标签，选中Density of states。勾选上Calculate PDOS，把k-point set改为Medium。 按下Run按钮，关闭对话框。 计算的运行会耗费一定的时间，我们可以最后做分析。我们现在可以构建下一组表面。 ; 从菜单栏中选择File | Save Project，然后选择Window | Close All。 ;zPd-Pd可以由晶格参数a0除以√2得到（它应为2.77 ?）。 ;把c的域值改为0.489，按下Add按钮。关闭对话框。 ;从先前的计算中得到的参数应当保留。 ; 选择A分子的碳原子。在Properties