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凝胶过滤（gel filtration）又称分子筛层析。层析柱内填满带有小孔的颗粒，一般由葡聚糖制成。 蛋白质加于柱之顶部，任其往下渗漏，小分子蛋白质进入孔内，因而在柱中滞留时间较长，大分子蛋白质不能进入孔内而径直流出，因此不同大小的蛋白质得以分离。 亲和层析（affinity chromatography） 是利用蛋白质分子对其配体分子特异生物学亲和力的纯化方法。 待纯化蛋白质吸附到含配体的琼脂糖颗粒表面，杂蛋白对配体无特异性结合不被吸附，通过洗涤除去，被特异结合的蛋白质可用含游离 的相应配体溶液把它从柱上洗脱下来（称亲和洗脱）。 使配体与凝胶之间保持足够的距离，不致因载体表面的位阻防碍带分离的分子与配体结合。 超滤（ultrafiltration）: 在一定的压力下，使蛋白质溶液在通过一定孔径的超滤膜时，小分子量物质滤过，而大分子量的蛋白质被截留，从而达到分离纯化的目的。这种方法既可以纯化蛋白质，又可达到浓缩蛋白质溶液的目的。 磁力搅拌器 待超滤的蛋白质溶液 加压的氮气 超滤膜 上电极缓冲液 下电极缓冲液 样品槽 上样器 阴极 阳极 电泳方向 聚丙烯酰胺凝胶板 聚丙烯酰胺凝胶电泳 等电聚焦（isoelectric focusing,IEF）: pH10 pH3 + (NaOH) + (H2SO4) pH10 pH3 (NaOH) + (H2SO4) pI 4.5 5.1 6.0 7.9 8.1 在具有pH梯度的电场中进行的电泳。每种蛋白质均有其特定的等电点，在pH呈梯度的电场中，按其等电点不同，带有不同的电荷，于是向与其带电相反的电极方向泳动。这样，在电泳时某一蛋白质迁移到电场中某一处的pH等于其等电点时，该蛋白质便因不带电荷而停止泳动。这样，各种蛋白质按其等电点不同得以分离。