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（一）BOND BOND是生物分子网络数据库，创建于2005年，由Unleashed Informatics公司管理和维护。 主要收录生物分子及其蛋白质序列、结构和相互作用等数据，其中生物分子包括蛋白质、DNA、RNA、配基、复合体、基因、光子（photon）等。 BOND集成了多个重要数据库，如BIND（生物分子相互作用网络数据库)、SMID（小分子相互作用数据库）、Genbank、GO（基因本体）、OMIM、conserved domains（保守功能域）、交叉参考数据库、完整基因组等。 网址：/ * BOND主页 * （二）DIP DIP专门存放实验确定的蛋白质之间相互作用的数据，既包括经典实验手段确定的蛋白质相互作用，也包括高通量实验手段确定的蛋白质相互作用数据。 数据要经过人工审核和采用计算方法自动验证后加入数据库。数据的自动验证有3种指标，即EPR Index、PVM Score和DPV Score。 在目前缺乏蛋白质相互作用数据金标准的现实情况下，DIP为采用计算的方法自动验证高通量技术产生的蛋白质相互作用数据做了开拓性的工作。 DIP还利用XML技术专门开发了一种用来存放和交换蛋白质相互作用数据的xin格式。 网址： / * （三）STRING STRING不仅存贮实验确定的蛋白质相互作用数据，而且还存贮预测的蛋白质相互作用数据，并对各种预测方法的准确性给出了相应的权重，对于采用经典实验方法研究蛋白质的功能、生物学意义具有非常重要的意义。 数据来源有4种，一是高通量实验技术产生的蛋白质相互作用数据，二是由保守的共表达数据推导出的蛋白质功能联系，三是文献搜索得到的蛋白质相互作用数据，四是采用预测蛋白质相互作用的方法，根据基因组中基因的上下文关系（genomic context）预测得到的蛋白质相互作用数据。 目前STRING数据库已经包括179个物种中的736429个蛋白，覆盖率相当高。 网址：http://string.embl.de/ * （四）KEGG 京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。 基因组信息存贮在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列； 功能信息存贮在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息； KEGG的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。 KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具，可以免费获取。 网址：http://www.genome.jp/kegg/ * KEGG主页 * * * 基因组数据库 一 Entrez Gonomes 二 Ensembl 三 UCSC Genome Browser 四 其他基因组数据库 * 一、Entrez Gonomes NCBI提供的，是世界上最大、最完整的多物种的基因组资源。目前已收录5937个物种的8500多条记录， 按生物体分成古细菌（Archaea）、细菌（Bacteria）、真核生物（Eukaryotae）、病毒（Viruses）、类病毒（Viroids）和质粒（Plasmids）六大类。 提供了各种基因组图谱，包括完整的染色体、序列图谱、遗传图谱、物理图谱和连续子（contigs）图谱。 可以通过Entrez进行关键词搜索，也可以通过Map Viewer进行浏览、检索及编辑。 网址： /sites/genome * Entrez Gonomes主页 * （一）Map Viewer Map Viewer是一种从众多资源中汇集图谱和序列信息的图谱浏览器。它既允许用户浏览和检索某有机体完整基因组信息，又允许用户在序列水平，通过浏览单个染色体图谱或某染色体上的特定区域，探查完整基因组信息。 对于每一个基因组，Map Viewer从4个层次揭示其信息： 生物体主页（Home Page） 基因组浏览（Genome View） 图谱浏览（Map View） 序列浏览（Sequence View） * （二）Map Viewer的使用 Map Viewer主页 * 检索结果 * * 鼠基因组数据库 人类基因组数据库 线虫基因组数据库 四、其他基因组数据库 （一）GDB （二）MDB （三）ACEDB * * 疾病基因数据库 一 OMIM 三 Gene Expression Omnibus 四 突变数据库 五 单核苷酸多态性数据库 * 二 GeneCards OMIM概述 “在线人类孟德尔遗传”（Online Mendelian Inheritance in