实验二序列相似性查询工具的使用.docxVIP

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2019-10-17 发布于广东
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实验二序列相似性查询工具的使用.docx

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实验二序列相似性搜索软件一BLAST的使用一、实验目的：掌握序列相似性查询工具一BLAST使用方法和技巧，理解与序列相似性查询相关的儿个基本概念。二、实验原理：BLAST是基本的局部对位排列搜索工具，它通过搜索序列数据库来找出最优的无空位局部对比，从数据库中找出与查询序列的某些子序列相似的子序列。三、实验器材：计算机，NCBI、EMBL生物信息学数据库的核昔酸序列、BLAST序列相似性搜索软件。四、实验内容：应用上次或本次实验查找到的不同物种的不同基因组的核苛酸序列，在NCB1数据库屮进行核背酸序列的BLAST相似性捜索。五、实验步骤： 1、打开NCBI网站的主页，然后点击网页左侧工具栏屮的Sequence analysis项，进入到序列分析的主页面。 2、然后点击序列分析工具栏屮的BLAST选项，进入相似性搜索的界面，然后选择核昔酸序列搜索软件 BLASTno 3、在进入核昔酸序列相似性搜索的界血后,在界血上Enter Query Sequence后血的方框中输入需要进行相似性搜索的序列，然后点击BLAST检索按钮，就可以进行搜索。 4、在进入搜索结果的界面后，就可以得到搜索结果的可视化图像和搜索得到的相关序列。六、实验要求：每个组每个同学至少用4条核苜酸序列进行BLAST相似性搜索。将相似性搜索结果中的可视化图像和搜索的相关序列拷贝下来作为实验内容。七、实验结果：例1：（物种名、基因名） Distribiition of 106 Hits on the ChieTV Sequeize DQ469731 Phytophthora capsici isolate 59Ea cytochrome c oxidase .. S=914 E=0 Color key for alignment scores Sequences producing significant alignments: (Click headers to sort columns) Accession Description Max score Total score Query coverage 一； value DO832717.1 Phytophthora soiae mitochondrion, complete qenome 215 215 100% 2e-53 U17009.2 Phytophthora infestans mitochondrionI complete qenome 192 192 100% 2e-46 AY898628J Phytophthora infestans haplotype lib mitochondrion (complete qenom 192 192 100% 2e-46 AY898627.1 PhYtophthora infestans haplotype Ila mitochondrion, complete qenom 192 192 100% 2e-46 AY894835J Phytophthora infestans haplotype la mitochondrion, complete qenome 192 192 100% 2e-46 DQ832718,1 Phytophthora ramorum mitochondrion, complete qenome 183 183 95% le-43 BX324223,23 Zebrafish DNA sequence from clone CH211-217F24 in linkaqe qroup 2 4L0 41.0 31% 0.88 Legend for links to other resources: LU UniGene Legend for links to other resources: LU UniGene GEO Structure d Nap Viewr 实验结果: l. (冬虫夏草，18S-ITS1-5. 8S-ITS2-28S) Distribution of 101 Blast Hits on the Query Sequence ⑵ ABO44644 Paecilomyces sp. 97014 gene for 18S rRNA, ITS1, 5.8S rR?? S=1077 E=0 scoresQ u e ry100100200200300300400400500500600600 scores Q u e ry 100 100 200 200 300 300 400 400 500 500 600 600 L? L? dp z 翌 ^bChem BioAssn