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- 2019-12-23 发布于湖北
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Identifying motifs from chip-chip data CEAS介绍 Cis-regulatory Element Annotation System 确定转录因子motifs Map nearby 基因 评估GC含量和进化保守性 Mine sequences for qPCR validation in NimbleGen Chip-chip数据 目前仅支持hg18和mm18,但可以用程序将hg17等转为hg18来使用 1,访问CEAS: 2,点击Submit链接: 3,用UCSC转换格式 /cgi-bin/hgLiftOver 4,Browser并上传你的文件 经UCSC转格式后,可以用步骤2中的Browser来上传你的BED 或GFF 文件,例如 5,选择hg18或mm8 根据你的文件内容,在Select Genome中选择hg18或mm8 6,输入对该文件的描述 输入文件的描述,以便进行标识。一般可以输入该文件对应的实验的名字等 7,键入你的email地址 计算的结果会发送到你的email中,有链接可以进行下载。 8,点击submit按钮 一般30分钟后可以收到结果。 CEAS提供了四种类型的结果 确定转录因子motif Nearby 基因的mapping 保守性图示 Region 序列 确定转录因子motif CEAS分析结果确定了ChI
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