快速定位基因的方法Mappingbysequencing.PDFVIP

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2019-12-28 发布于天津
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快速定位基因的方法： Mapping by sequencing By 陈秭如做MBS需要的知识储备 Mapping by sequencing （MBS）← 生物信息学+ 遗传学生物信息学： 1. 熟悉Linux/unix操作 2. 会至少1门编程语言：R / python / perl 遗传学： • 三大遗传学定律 • 图位克隆学习生信：推荐的课程和读物生物信息入门： • István Albert的一个文字版在线课程： /iua1/courses/code-repository-2014.html • 三本书：学习生信：推荐几个微信公众号生信分析生信媛生信技能树宏基因组分析 R语言宏基因组 Biobabble 从一篇cell封面文章说起 Sebastian Soyk . et al. Bypassing Negative Epistasis on Yield in Tomato Imposed by a Domestication Gene. Cell 169, 1142– 1155 (2017). 正向遗传学突变体获取：已知遗传背景的生物，通过DNA损伤试剂进行突变，获得随机突变体。筛选：对于感兴趣的突变体表型进行筛选正向遗传学筛选构建群体定位基因群体的类型 • 暂时性分离群体：F2、F3、BC （backcross 回交）等 • 永久性分离群体：RIL （Recombinant Inbred Lines 重组自交系）、DH （double haploid 双单倍体）等 [1] Cheng Zou. et al. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement. Plant Biotechnology Journal 14, 1941– 1955(2016). 基因定位原理 ·染色体交换 1 2 1：……ATC TAGGG CCT…… 2：……ATC - - - - - CCT…… 基因定位的方式 ·检测每个个体的marker • 对群体的每个个体进行marker检测：定位QTL常用