杨荣武生物化学蛋白质的功能及其与结构之间的关系.pptxVIP

第三章 蛋白质的功能及其与结构之间的关系;提纲;蛋白质的生物功能;兼职蛋白（moonlighting proteins）;蛋白质结构与功能关系的一般原则;细胞色素c ；相似的序列-相似的结构-相同的功能;不同物种的细胞色素c一级结构的比较;根据细胞色素c一级结构绘制出来的进化树;类似物（analog）。专指具有相同的功能，但起源于不同的祖先基因的蛋白质，它们是基因趋同进化的产物（convergent evolution）。 同源物（homolog）。专指存在于不同生物或者同种生物，来源于某一共同祖先基因的蛋白质。 种间同源物（ortholog），也称为直向同源物或直系同源物，属于同源物中的一种，专指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白质，它们通常保留与原始蛋白相同的功能，但也不尽然。 种内同源物或旁系同源物（paralog）。属于同源物中的另外一种，专指同一物种内由于基因复制、分离产生的同源物。 ;同源物、直向同源物和种内同源物之间的关系;纤维状蛋白质的结构与功能 α角蛋白 β角蛋白 胶原蛋白 球状蛋白质的结构与功能 肌红蛋白 血红蛋白;一级结构：由311个～314个氨基酸残基组成。 二级结构：每一个α角蛋白分子在其中央形成典型的α螺旋，两端为非螺旋区。 模体：由于螺旋区由（HXXHCXC）n重复序列组成，其中H为疏水氨基酸，这使得两个α角蛋白分子能通过H上的疏水R基团结合，相互缠绕形成双股卷曲螺旋。双股卷曲螺旋大大地提高了α螺旋的稳定性。 链间还形成多个二硫键，这种共价交联可进一步提高α角蛋白的强度。;α角蛋白的结构层次;;一级结构：富含Ala和Gly，具有重复序列Gly-Ala/Ser-Gly-Ala/Ser； 二级结构：主要是有序的反平行β折叠，还有一些无序的α螺旋和β转角环绕在β折叠的周围。Gly和Ala/Ser分别分布于折叠片层的两侧，使得相邻的β折叠更加紧密地堆积形成网状结构，从而赋予丝较高的抗张性能。同时α螺旋又使蛛丝具有一定的柔软性。与α角蛋白不同的是，相邻的β角蛋白之间没有共价交联。 ;蜘蛛丝中的丝心蛋白的结构层次;β角蛋白中的β折叠;胶原蛋白的基本组成单位是由3条α链组成的原胶原分子。3条α 链可以相同，也可以不同。 原胶原的一级结构：约1/3是Gly，Pro含量也很高（~ 12%），具有三种修饰的氨基酸，即4-羟脯氨酸、3-羟脯氨酸（~ 9%）和5-羟赖氨酸；每一条肽链都具有重复的Gly-X-Y三联体序列。X和Y通常是Pro，但也可能是Lys。 胶原蛋白富含Gly和Pro的性质使得它难以形成α-螺旋，但有规律重复的三联体序列促进了三条胶原蛋白链之间形成三股螺旋。 ;三股螺旋由三股左旋的肽链以氢键相连，并相互缠绕形成右手螺旋。体积最小的Gly正好位于螺旋的内部，构成紧密的疏水核心，而Pro和Hyp 的侧链位于三股螺旋的表面，面向外，以尽量减少空间位阻。一条多肽链上的Gly与另外两条多肽链上的X和Y残基并列，每一个Gly残基的-NH基团与X残基的C=O基团形成氢键，一个三联体序列大约形成一个氢键。三股螺旋比α-螺旋伸展，每一个氨基酸残基上升0.29nm，一圈有3.3个氨基酸残基。;这一家族的蛋白质都含有血红素辅基，都能够可逆地结合氧气，都含有珠蛋白折叠这样的结构模体。属于这一类家族的蛋白质有：肌红蛋白（Mb）、血红蛋白（ Hb）、神经珠蛋白（Ngb）和细胞珠蛋白（Cygb）。; Hb在血液中运输氧气;一级结构：由一条肽链组成，含有153个氨基酸残基；非共价结合一分子血红素辅基。血红素由原卟啉和Fe2+组成。Fe2+可以形成6个配位键，其中4个是与原卟啉上的吡咯环的N原子形成的，1个是与肽链F螺旋上HisF8形成的。O2可以通过第六个配位键可逆地与Fe2+结合。 二级结构：共有8段α螺旋，约占全部序列的75%，按照N端到C端的次序，被依次编号为A、B、C、D、E、F、G、H。螺旋之间是短的小环。有四个螺旋终止于Pro残基。某些螺旋为两亲螺旋。 三级结构：折叠成紧密球状，疏水侧链大都在分子内部，极性、带电荷的侧链则在分子表面。其分子表面形成一个深的疏水口袋。血红素通过与口袋内的氨基酸残基以次级键以及血红素铁与His F8形成的配位键而“藏”在洞中。该口袋允许O2进入而阻止H2O的进入，既保证了Fe2+结合O2又可防止Fe2+被氧化成Fe3+。如果Fe2+被氧化成Fe3+则氧气不能再与血红素结合。CO也能与血红素结合。CO的毒性是因为它与血红素的亲和力更大，从而阻止O2与血红素的结合。;二价态的血红素铁结合氧气;肌红蛋白的三维结构;;肌红蛋白的氧合曲线;Hb由四个亚基组成，因而有四级结构。每一个亚基称为珠蛋白，单个亚基的一级结构与Mb差别较大，只有27个位置的氨基酸残基与Mb相同，但二级和三级结构