临床检验仪器学-—全自动DNA测序仪和蛋白质自动测序仪-2017.ppt

310 3130 3130xl 3500 3500xl 3730 3730xl 1 4 16 8 24 48 96 主机 分析软件 计算机 耗材 六、自动测序仪的结构 Anode Buffer(+) Pump assembly (-) 检测区 凝胶区块 自动进样器 高压电源 CCD 相机记录所有通道信号 激光激发所有通道 计算机分析测序数据 激光源 毛细管 电泳方向 七、自动测序仪的结果 八、毛细管电泳型DNA测序仪的常见故障及维护 电泳时仪器显示无电流 电泳缓冲液蒸发使液面降低，而未能接触到毛细管 电极弯曲而无法浸入缓冲液中 毛细管未浸入缓冲液中 毛细管内有气泡等 电极弯曲 安装、调整或清洗电极后未进行电极定标操作就直接执行电泳命令，电极不能准确插入各管中 运行前未将样品盘归位、或虽然执行了归位操作，但X/Y轴归位尚未结束就运行Z轴归位等 电泳时产生电弧 主要原因是电极、加热板或自动进样器上有灰尘沉积 其他 测序结束后应将毛细管负极端浸在蒸馏水中，避免凝胶干燥而阻塞毛细管 定期清洗泵块 定期更换电极缓冲液、洗涤液和废液管 电泳时仪器显示无电流 电泳缓冲液配制不正确 电极导线未接好或损坏 正极或负极铂金丝断裂 正极或负极的胶面未浸入缓冲液中 传热板粘住胶板 主要原因为上方的缓冲液室漏液 第二代测序之半导体测序法 Multi-Gene Whole Exome Whole Genome Single Gene Complexity Sanger Sequencing NGS NGS NGS 一、半导体测序法(Ion Torrent测序) 芯片上千万个DNA 片段同时 读取序列信息 检测流程 复杂的生物信息学分析 第二代测序之边合成边终止法 C A G T C A T C A C C T A G C G T A 5’ G T C A G T C A G T C A G T 3’ 5’ 第一个碱基结合 Cycle 1: 检测光信息 切掉终止子和染料 Cycle 2-n: 循环 (Repeat) 边合成边测序 DNA(0.1-1.0 ug) Library preparation Cluster generation 5’ 5’ 3’ G T C A G T C A G T C A C A G T C A T C A C C T A G C G T A G T 1 2 3 7 8 9 4 5 6 Image acquisition Sequencing Base calling T G C T A C G A T … A C G T ASCII Character Q-score PF (0,1) Sequence Instrument Run ID Lane Tile X-coord Y-coord Index # Read # Library Preparation 制备文库 Sequencing 测序 Data Analysis 数据分析 4 3 Cluster Generation 生成DNA簇 2 1 Purpose: Graphic support to explain Solexa technology. Details: There are 2 market unique features to the Solexa technology for genome analysis = template clusters (in the flow cell) and reversibly terminated, individually fluorescently labeled nucleotides for Sequencing by Synthesis. The steps for sequencing by synthesis supported by this slide are: Hybridize sequencing primer (complimentary to terminal adaptor) Add polymerase and all 4 dNTPs Each dNTP is individually fluoerscently labeled and is reversibly blocked at the 3’ hydroxyl The 3’ block ensures only a single base addition. Once the single base addition occu