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生物信息学论文 学院：生命科学技术学院 专业：生物科学 班级：2013 级 老师：高亚梅 学生：蔡欣月 学号：20134083003 [1] [1] 黑龙江八一农垦大学 链孢霉 GH5-1 及 GH6-3 基因生物信息学分析 蔡欣月（黑龙江八一农垦大学，生命科学技术学院，2013 级生物科学专业，黑龙江省，大庆市） 【摘要】目的：分析和预测链孢霉菌 GH5-1 和 GH6-3 基因及其编码蛋白质的结构和特征。方法：利用 NCBI、CBS 和 ExPASy 网站中的各种信息分析工具，并结合 VectorNTIsuite8.0 生物信息分析软件包，分析 预测链孢霉菌 GH5-1 和 GH6-3 基因并预测该基因编码蛋白结构的特征和功能。结果：GH5-1 基因全长 2006bp,编码区具有 390 个氨基酸，在 GenBank 同源序列中，其与 endoglucanase 3 [Neurospora crassa OR74A]基因氨基酸序列一致性达到 100%，且有 GH5-1 保守域。GH5-1 蛋白相对分子量预测为 41907.4， 理论等电点为 5.14。预测 GH5-1 编码蛋白 α 螺旋(H ) 、β 折叠(E )、无规则卷(L )的比例分别是 16.92％、33.85％、49.23 ％，2 个 GTPase 结构域。GH5-1 蛋白为亲水蛋白，无跨膜区，有信号肽。GH6-3 基因全长 1914bp,编码区具有 419 个氨基酸，在 GenBank 同源序列中，其与 exoglucanase 3 [Neurospora crassa OR74A]基因氨基酸序列一致性达到 100%，且有 GH6-3 保守域。GH6-3 蛋白相对分子量预测为 44839.3，理论等电点为 6.51。预测 GH6-3 编码蛋白 α 螺旋(H ) 、β 折叠(E )、无规则卷(L )的比例分别是 29.59％、16.71％、53.75 ％，1 个 GTPase 结构域。GH6-3 蛋白为亲水蛋白，有跨膜区，无信号肽。结论： 成功预测 GH5-1 和 GH6-3 基因及其编码蛋白生化及其结构特征，为下一步对其进行克隆和表达奠定基础。 【关键词】链孢霉菌；糖基水解酶家族 5（GH5-1）；糖基水解酶家族 6（GH6-3）生物信息学 链孢霉菌又称脉孢菌、串珠菌、红色面包菌，俗称红霉菌，是食用菌生产中重要的竞争性杂菌之一。 其广泛分布在自然界土壤中和和禾本科植物上，尤其在玉米芯上极易发生 。通过空气、土壤、腐烂植 物、谷物等进行传播、在食用菌生产中，链孢菌和绿菌是生产中最常见的病原菌。链孢霉在高温高湿条 件下最易发生，是夏季食用菌生产中危害严重的病原菌，该病原菌生活力强、生长迅速、繁殖快、分生 孢子多、易传播，几乎会感染所有熟料栽培的食用菌，并且一旦感染很难彻底消灭，给生产造成较大的 经济损失，严重危害所有食用菌的母种、原种、栽培种，以及香菇、木耳、银耳、银耳、灵芝等熟料菌 简 [2] 。目前链孢霉菌的全基因组序列已经获得，但有关其蛋白和基因的各类研究仍为数较少，本文通过 对链孢霉 GH5-1 和 GH6-3 基因及编码蛋白质进行生物信息学分析，分析其基本生化及结构特征，为下一 步对其进行克隆表达和应用奠定基础。 1、材料与方法 1.1 材料 通过 ExPASy 数据库的 UniProtKB（ 或 /uniprot）获得链孢霉菌的 GH5-1 与 GH6-3 基因序列。GH5-1 基因编号为 NCU00762，NCBI 的登录号为 XM_959066.2，其他物种的 GH5-1 的氨基酸序列均来自 Genbank，登录号见表 1。GH6-3 基因编号为 NCU09680，NCBI 的登录号为 XM_952322.2，其他物种的 GH6-3 的氨基酸序列均来自 Genbank，登录号见表 2。 1.2 方法 利用美国国家生物技术信息中心（NCBI,）的基本局部比对搜索工具 （BLAST,/blast/），运用 Blastx 完成基因同源性分析。 应用 ORF finder（ /gorf/orfig.cgi ）寻找其开放读码框，并推导出可编码蛋 白序列。 利用保守结构域（/Structure/cdd/wrpsb.cgi）分析预测其保守域。 通过瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASy， ）所提供的蛋白组学和 分析工具：Protparam、Proscale 程序分析 GH5-1 及 GH6-3 蛋白氨基酸组成、相对分子质量、等电点等基 - 0 - 黑龙江八一农垦大学 本理化性质；TMHMM 程序预测 GH5-1 及 GH6-3 的跨膜区；SignalP 程序预测 G