关联分析相关软件演示总结.pptVIP

演示课件 演示课件 演示 演示课件 K值确定 L′(K) = L(K) – L(K – 1) |L′′(K)| = |L′(K + 1) – L′(K)| ΔK = m|L′′(K)|/s[L(K)] ΔK =m(|L(K + 1) ? 2 L(K) + L(K ? 1)|)/s[L(K)] 注： s[L(K)]为标准差，K值确定方法具体请参考原文献： G. EVANNO, S. REGNAUT and J . GOUDET， Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study[J]. Molecular Ecology,2005,14, 2611–2620. 演示课件 Distruct柱形图绘制 参见distruct软件包，将文中的相应部分替换为自己的相应数据即可。 演示课件 File format of SPAGeDi 群体大小 标记数目 亚群数目 二倍体 用于定位基因型的最大字符数 空间坐标 演示课件 参数选择及结果处理 spagedi参数选择问题： 第一步：1 kinship coefficient 第二步：4 Jackknief over loci 第三步：3 Report matrices with pairwise spatial distances and genetic coefficients 第四步：3 mutilocus estimates matrix and columnar forms 生成的结果需做如下处理： 将生成的txt文件用excel打开，然后将矩阵数据部分复制到一excel中，对于小于0的数据用0代替，对角线上的空着的用1代替，最后对整个矩阵乘以2即可，此时可用于tassel分析。演示 演示课件 File format of Tassel Genotypic data Phenotypic data Population structure data Kinship data 演示课件 Genotypic data Inbred lines number Sequence length or marker number Inbred line name Marker or sequence 演示课件 Phenotypic data Inbred line name Inbred lines number Traits nummer Head rows nummer Traits 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 演示课件 DEMO of related software in association analysis 张学海 xuehai85@126.com 2010.5.18 演示课件 Related software Powermarker Structure2.2 SPAGeDi TASSEL2.0 演示课件 More information Powermarker Structure2.2 /software/structure22/ SPAGeDi http://www.ulb.be/sciences/ecoevol/spagedi.html TASSEL2.0 /index.php?option=com_contenttask=viewid=89Itemid= 演示课件 SSR带型记录 第一种读带方式： 以0、1统计，相同迁移率位置上，有带记为1，无带记为0。适合于NTSYS，powermarker等软件 第二种读带方式： 演示课件 File format of Powermarker 材料名称或编号 群体类型 引物名称 标记基因型，中间用“/”隔开，缺样用？/？表示。 演示课件 演示课件 演示 演示课件 File format of Structure Inbred name two lines Marker name Marker genotype Missing genotype 演示课件 STRUCTRE软件原理 应用STRUCTRE软件（Pritchard 2000），是对群体进行基于数学模型的类群划分，并计算材料相应的Q值（第i材料其基因组变异源于第k群体的概率）。分析的大致理念是，首先假定样本存在K个等位变异频率特征类型数（即服从Hardy-Weinberger平衡的亚群，这里K可以是未知的），每一类群标记位点由一套等位变异频率表征，将样本中各材料归到(或然率用Bayesian方