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PyMOL简介及相关操作
报告人：丁洁女 组员：廖杨洁、杨承峰、段博、谭菲
组号：G13
2013-1-18
主要内容
一、PyMOL简介
? PyMOL概述
? PyMOL的特点
? PyMOL的界面介绍
二、PyMOL功能 三、PyMOL的基本操作
? 鼠标操作
? 命令操作
四、PyMOL应用实例
2
Example
3
PyMOL概述
? PyMOL是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件。
由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC将它商
业化。
? Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，
“Mol”则是英文分子（molecule）的缩写，表示该软件用来显示
分子结构。
? PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白
质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学 文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。
? 网站：/
4
PyMOL的特点 ?优点
? 强大的分子可视化软件
? 高质量科学论文发表图形
? 动画制作
? 文档文件和会话文件并存
? 鼠标操作与命令行操作
? 免费的开放源码
?缺点
? 缺乏足够的文件资料
? 没有UNDO功能
? 功能不完善
Introduction to PyMOL
5
PyMOL的界面介绍
? PyMOL的使用界面：包
括一个图形显示窗口和
一个GUI窗口。
? GUI是图形用户界面
（Graphical User Interface）的缩写，由 菜单、按钮、正文框和 其他小工具构成。
Viewer是PyMOL系统的
心脏。这是一个开放式 图形语言（OpenGL）窗
口，所有的3D图形在此 展示，并且用户可直接 操纵这些图形。
6
The Viewer Window
? A: Action
? S: Show
? H: Hide
? L: Label
? C: Color
? PyMol可以同时打开多个PDB文件，或将某个PDB文件拆
分成多个独立单元。每个PDB或独立单元可以通过”A”中
的”rename selection”重新命名后显示在Names Panel上。
7
ASHLC menu
? Action Show Hide Label Color
8
The External GUI Window
Standard menu bar
Command input field Output region Buttons
? 与Viewer window相比的优势：能通过Ctrl?X,
Ctrl?C, and Ctrl?V使用剪切、复制、黏贴功能
9
PyMOL功能
?比对功能
? 基于蛋白序列
? Action - align
? Pymol align (2xuv and n. CA ), (hdea
and n. CA)
? 基于原子对
? Wizard- Pair Fiting
10
?测量
? 距离
? Pymol distance (sele1), (sele2)
? 角度
? Pymol angle (sele1), (sele2), (sele3)
? 二面角
? Pymol Dihedral (sele1), (sele2), (sele3), (sele4)
11
?二级结构归属
? PyMOL具有快速合理的二级结构归属算法，即“dss”，但由于二级结
构归属的主观因素，dss的结果可能会不同于PDB文件中DSSP程序的结
果。
? Pymol dss selection
? 以2xuv.pdb为例
? Pymol fetch 2xuv # 载入对象2xuv
? Pymol as cartoon # 显示cartoon
? Pymol color cyans, 2xuv
? Pymol dss 2xuv # 对2xuv计算二级结构
? Pymol fetch 2xuv, hdeb
? #载入对象，命名为hdeb
? Pymol as cartoon # 显示cartoon
? Pymol color magentas, hdeb
12
?立体效果
? PyMOL能够支持的立体图形模式：
? Crosseye stereo
? Walleye stereo
? Hardware stereo
? Geowall stereo
? Sidebyside stereo
? Quadbuffer stereo
? 相关命令
? Pymol stereo on #开启立体效果
? Pymol stereo off
? Pymol stereo crosseye #开启crosseye立体模式
? 注：如果ha
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