microRNA靶基因预测算法概述.docxVIP

microRNA 靶基因预测算法概述 从《科学》杂志公布 2007十大科技进展（ ）看,miRNA这个2002年的明星分子（记得 92 还是 96年也有个明星分子 NO） 仍将成为今后一段时间内生物医学领域的研究热点。 现越 来越多的 医务工作者、基础医学工作开始关注 miRNA 潜在的临床应用，但 miRNA 靶基因 实验证实现还没有统一规范的操作方案，大多仍依赖于计算预测的方法，现就 目前常用的 miRNA 靶基因预测算法归纳如下： 第一代靶基因预测软件 miRanda miRanda是John等［12］于2003年5月开发的第一个 miRNA靶基因预测软件。miRanda适用 范围广泛（见表 1 ），不受物种限制，同时提供了 windows, linux, 和 macintosh 多平台版本， 可以下载到本地运行。碱基互补方面， miRanda 算法和 Smith-Waterman 算法［1 3］相似，但它 以碱基互补（如 A=U, Gj^C等）代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配（如A-A,U-U 等）来 构建打分矩阵，允许 G=U 错配，为了体现 miRNA 3端和 5端和靶基因作用过程中的不对称 性，软件给出了 scale参数（5端11个碱基得分值乘以该值，然后和 3端11个碱基得分值 相加作为碱基互补得分） 。同时强调 miRNA 第 2 到 4 位碱基和靶基因精确互补，第 3 到 12 位碱基和靶基因错配不得多于 5个，9到L- 5 （ L为miRNA总长）位碱基至少一个错配，最 后 5 个碱基错配不得多于两个。在热力学方面， miRanda 利用维也纳软件包中的 RNA 二级 结构程序包 RNAlib （Vienna 1.3 RNA secondary structure programming library ）评估 miRNA- 靶基因二聚体的结合能，对于潜在的杂交位点， miRanda 也给予打分。靶位点的跨物种保守 性，要求靶位点在多物种 3 UTR比对中相同位置碱基相同。对于多个 miRNA对应于同一靶 位点的情况， miRanda 使用贪婪算法贪心算法取得分最高且自由能最低的那对。 DIANA-microT DIANA-microT 是 Kiriakidou M 等［14］基 于实验和计算生物学方法开发的 miRNA 靶基因预 测软件。和 miRanda 预测结果中可能出现一个 miRNA 对应多个靶位点或多个 miRNA 对应 一个靶位 点而丢掉了 miRNA 调控单个靶位点不同的是， DIANA-microT 考虑了 miRNA 调 控单个靶位点的情况。DIANA-microT 预测算法基于以下两点来判别 miRNA靶基因：① miRNA和靶基因间的高亲和力，主要通过结合能来衡量。② 影 响miRNA和靶基因所形成 二聚体茎环结构环部位置和环大小的 miRNA 相关蛋白可能指导 miRNA 和靶基因的相互作 用。对于前者， DIANA- microT 用动态规划算法计算经典的 Watson-Crick 碱基配对及 G-U 错 配的自由能，开一个 38nt 的窗口扫描 mRNA 序列，通过计算 miRNA 和靶基因的自由能来 寻找靶位点。对于后者都主要是通过实验的方法验证过滤前者预测的结果。 RNAhybrid RNAhybrid是Behmsmeier M等［15］基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的 miRNA靶 基因预测软件。 RNAhybrid 预测算法禁止分子内、 miRNA 分子间及靶基因间形成二聚体， 根 据 miRNA 和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂 度也相应增加，但 RNAhybrid 和其它 RNA 二级结构预测软件 诸如 mfold, RNAfold, RNAcofold 和 pairfold 相比，仍具有明显的速度优势。此外， RNAhybrid 允许用户自定义自 由能 阈值及p值，也允许用户设置杂交位点的偏向， 如杂交位点必须包含 miRNA 5端2-7nt 等。像 miRanda 一样， RNAhybrid 也提供有单机版供下载（见表 1）。 由于 RNAhybrid 实质上是经典 RNA 二级结构预测软件的扩展，从 miRNA 和靶基因形成稳 定的二聚体这一视角入手， 为 miRNA 靶基因预测开辟了新的天地。 但 Behmsmeier M 通过用 RNAhybrid扫描果蝇3 UTR^现，RNAhybrid仅能预测到少数的 miRNA靶基因，这个可能 与miRNA长度较短，而所用3 UTR数据集较大有关，然而由于它不需要考虑靶基因的物种 保守性，仍然有自己的优势。 TargetScan 禾口 TargetSc