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药物基因组学数据库 1、Drugbank 2、dgidb 3、pharmGKB 4 、cancercommon 5、ChEMBL 6、mycancergenome 7、TTD 8、guidetopharmcology 9、clearityfoundation 10、CIViC /#/home 11、DoCM / 1 Drugbank 药物和药物靶标资源库。DrugBank 是一个独特的生物信息学/化学信息学资源， 它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即：蛋白质）信 息。该数据库包含了超过 4100 个药物条目，包括超过 800 个 FDA 认可的小分 子和生物技术药物，以及超过 3200 个试验性药物。此外，超过 1.4 万条蛋白 质或药物靶序列被链接到这些药物条目。每个 DrugCard 条目包含超过 80 个数 据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另一半致力于药物靶点和蛋白 质数据。许多数据域超链接到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、 Swiss-Prot 和 GenBank）和各种结构查看小应用程序。该数据库是完全可搜 索的，支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。DrugBank 的潜在 应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物 相互作用预测和普通药学教育。DrugBank 可以在 http://www.drugbank.ca 使用。广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛 选、药物活性和作用预测等。 在查询中，每一种药物对应 1 个 DrugCard，即我们所得到的检索结果。 每一个 DrugCard 都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。 药物信息包括了该药物的 CAS 号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D 和 3D 结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2 细胞穿透性、药物类 别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、 作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代 谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于 合成的相关文献等，还与 ChEBI、GenBank、PubChem 等外部数据库有链接。 靶标的信息包括 ID、名称、靶标基因的名称、蛋白质序列、残基数目、分 子量、等电点、功能和活性、参与的代谢途径和反应、体内分布、靶标信号、跨 膜区域、靶标基因序列及其在 GenBank、HGNC 等外部数据库中的 ID 和链接、 参考文献，以及在 GenBank 和 Swiss-Prot 中的链接。 酶的信息包括名称、蛋白质序列、基因名称、在 Swiss-Prot 等数据库中的 链接。 在 DrugBank 的主界面上，在 Browse 菜单下可以浏览数据库的内容，其 中 PharmaBrowse 为用户提供了分类浏览的功能。这为药剂师、医生以及寻找 潜在药物的研究人员提供了方便。在 Search 下拉菜单下，就是 Drug Bank 的 4 类检索方式。ChemQuery 允许用户通过绘制结构图或书写 SMILES、分子 式进行结构搜索。在检索过程中还可以对搜索药物类型、分子量范围、搜索结果 相似度、结果数量最大值等进行设置。TextQuery 则为文本检索功能。文本检 索支持逻辑运算符连接及在特定领域内搜索。例如，在 “dextromethorphan” 中检索混合物，可以键入“mixtures：dextromethorphan”，即用分号在后 面输入领域，同时可以加入逻辑运算符，例如，在 “dextrome thorphan”和 “ doxylamine” 2 个 领 域 进 行 检 索 ， 可 以 键 入 “ mixtures:dextromethorphan AND mixtures:doxylamine” 。 SeqSearch 为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能。Data Extractor 是 1 个组合检索工具。用户可以对 DrugCard 所包含的信息进行选择性的组合检索 （1） Browse 按钮：Drug Browse、Category Browse、Geno Browse、Reaction Browse、Pathway Browse、Class Browse、Target Brows