基于简化基因组测序的中国大麦地方品种遗传多样性分析.pdfVIP

摘要 基因库是基础研究和育种应用的宝贵资源。中国国家种质资源库是世界上排名前 列的大麦基因库之一，收集的大麦种质超过 23000 份，其中中国大麦地方品种超过 9900 份。但是，早期对于其遗传多样性缺乏系统地评价，因此限制了研究者合理且 充分地利用 这些珍贵种质。本研究利用 简化基因组 测序技术 （Genotyping-by-sequencing，GBS ）结合表型变异分析，鉴定了中国国家种质库中497 份中国大麦地方品种（约占中国大麦地方品种资源5% ）的遗传多样性。主要结果如 下： 1. 497 份样品经过GBS 测序共获得553 Gb 的核苷酸序列，单个材料获得的核苷 酸序列在0.3-3 Gb 范围内；其中97% 的序列可成功比对到参考基因组上。从所有样 品中共鉴定出超过250 万个序列多态性位点，包括单核苷酸多态性 （single nucleotide polymorphism, SNP ）与序列插入/缺失 （Insertion/deletion, Indel ）两类变异；按缺失率 （ Missing rate ）50%与最小等位基因频率（Minor allele frequency, MAF ）0.01 的标 准过滤，最终获得10,986 个高质量的多态性位点（包括SNPs 与Indels ）。 2. 基于 10,986 个多态性位点的基因型分析，发现497 份品种的杂合率变异范围 为0.04-0.27，平均为0.13 ；进一步比较不同地区来源的品种，发现西藏地区的品种杂 合率高于其它地区。通过比较任意两个材料在 10,986 个多态性位点上的基因型一致 性，发现品种间的相似率范围为57%~91%，平均相似率水平为77%，仅有6% 的材 料 （32 份）相似率超过90% 。 3. 主成分分析、群体结构分析以及系统发育分析均一致地将497 份品种划分为3 个亚群。通过比较3 个亚群内品种的地理来源和表型特征数据，并未发现亚群分化与 地理来源或某类表型具有明显的相关性。 4. 3 个亚群内的核酸多态性 （π）水平分别为0.093，0.129 和0.157 。比较3 个 亚群间的遗传分化程度（Fst ），发现G2 亚群相对G1 和G3 亚群的遗传分化程度更高。 5. 这些地方品种在棱形以及籽粒相关性状上存在丰富的表型变异。 由此，本研究在基因型与表型两个水平上揭示了我国大麦地方品种的遗传多样性 概况，发现了其中遗传多样性丰富与种质杂合度偏高并存的特征，为今后合理、有效 地利用这些种质资源提供了重要的参考信息。 关键词：栽培大麦；基因库；地方品种；简化基因组测序；遗传多样性 I Abstract Genebanks reservation of crop species is a valuable resource for both academic studies and breeding practices. The National Crop Genebank of China (NCGC) preserved one of the largest barley collections (23,000 accessions), including over 9900 Chinese barley landraces. However, the genetic diversity remained poorly illustrated, thus restricting the efficient use of this resource in academic and applied studies. Here, we deployed the genotyping-by-sequencing (GBS) and phenotping analysis, to investigate the diversity of 497 Chinese barley accessions, which a