基于比较基因组学揭示基因组岛对多杀性巴氏杆菌群体遗传及毒力的影响.pdfVIP

摘 要 多杀性巴氏杆菌 （Pasteurella multocida , PM）是一种全球范围导致重要经济损失 的机会性致病菌，可感染人类和多种动物。已有报道发现PM 中含有荚膜、脂多糖、 毒素和铁摄取相关蛋白等毒力基因，而机会性致病菌动态性的基因组主要通过移动元 件和噬菌体衍生的基因组岛 （Genomic Island, GI ）帮助细菌快速获取外源基因片段。 目前，对PM 内GI 作用于毒力的研究甚少，且GI 在细菌群体进化过程中对PM 群体 遗传学的影响更是未知。 本研究以实验室已测序 10 株禽源PM 菌株的全基因组及 104 株NCBI 数据库的 PM 基因组为原材料，通过BioNumerics7.6 等生物信息学分析软件获取菌株泛基因组 数据，并基于此分析PM 群体基因组。然后，利用IslandViewer4 在线分析网站获取 可能GI 区域，根据GI 含有整合酶类、直接重复序列、特殊GC 含量以及同种属细菌 基因组中仅少量存在等特性筛选确定114 株PM 的GI。已确定的GI 分别与泛基因组 的核心、附属、特有基因集两两比对，获取GI 内基因在泛基因组各组分的比例，利 用COG、WEGO 等数据库分析GI 对PM 群体遗传进化的影响。同时分离鉴定鸭源 PM 自然弱毒株，通过比对其与PM 强毒株间的差异，从分子水平上探究禽源PM 毒 力差异与GI 间的关联。 通过比较基因组学分析，本研究确定了114 株PM 的泛基因组呈开放性进化模式， 其系统发育关系与宿主来源、地理位置密切相关。PM 基因组含有280 个GIs，GI 内 的基因占泛基因组中核心基因 5.8%，主要与代谢活动相关；附属基因 42.3% ，富集 适应性基因；特有基因 35.4%，含防御相关基因。在 PM 群体遗传学背景下，通过 GI 在该菌种附属、特有基因集的较大比例及特殊功能，确定了GI 对群体基因组的基 因扩增极为重要，同时整合的GI 数据也有助于其环境适应性和遗传多样性研究。而 新的PM 自然弱毒株的分离及强弱毒株分析研究发现，致使强毒株DY120818 与4 株 弱毒株毒力差异的原因极有可能是整合结合元件 ICEPmu2 ，这为进一步探究 PM 对 禽类的致病机理、GI 对菌株毒力的影响提供了理论依据。 关键词：多杀性巴氏杆菌；比较基因组学；群体遗传；基因组岛；毒力；整合结合 元件 I ABSTRACT Pasteurella multocida (PM) is a causative agent of economically crucial diseases spanning the entire world and anopportunistic pathogeninfects human and various animals.It has been reported that PM contains virulence genes such as capsules, lipopolysaccharides, toxins and iron uptake-related proteins. However, the dynamic genomes of opportunistic pathogens are mainly generated by mobile elements and phage-derived Genomic Island (GI) to help bacteria quickly acquire foreign gene fragments. At present, there is little research on the virulence of GI in PM, and the influence of GI on PM population genetics during the evolution of bacteria is even more unknown.