临床基因组学：第七章-第3讲 Sanger测序及高通量测序技术.ppt

实例分析4 PS4，PM2，PP1，PP3，PP4 结论：可疑致病 9746 9747 9748 ? 9749 c.11153+5GC,het c.11153+5GC,het c.11153+5GC,het wt 单基因遗传病的临床诊断应用 2013年广东地区101例Ion torrent panel检测结果小结 2013年，所有分子遗传检测项目 N=813 N=454 N=100 基因测序技术的临床应用 前段时间著名影星Angelina Jolie自爆已接受预防性双侧乳腺切除术，因为她本人罹患乳腺癌的风险极高。 38岁的美国女星Angelina Jolie在《纽约时报》上发表了《我的医疗选择》一文，称由于自己携带有 BRCA1基因，医生估计她患上乳腺癌的风险高达87%，患上卵巢癌的风险高达50%，她母亲在56岁时死于癌症。朱莉说切除术后，她患上乳腺癌的风险已降至5%。 日后，有与安吉丽娜?朱莉同样担忧的女性就可以借助 NGS技术进行BRCA检测，提早采取相关措施。 基因测序技术的临床应用 在产前诊断方面（ prenatal diagnosis），以新一代测序技术为依托的创新检测手段也将会彻底改变传统的诊疗模式。 目前非侵入式的产前检测手段（non invasive prenatal test），能够诊断21三体综合症（trisomy 21）。只需要抽取孕妇一点点血液，检测其中微量的胎儿21号染色体就够了。这种非侵入式的产前检测手段，以及类似的检测13三体或者18三体综合症的检测手段都具有非常高的敏感度和特异性，一定能够在产前检查领域里找到自己的位置 临床应用规范与要求 与常规的基因检测技术相同的要求 由于技术特点带来的特殊要求 大量的生物信息学处理过程 检测技术的局限性 高通量测序临床应用的质量控制规范起草机构 美国医疗保险与医疗救助服务中心（Center for Medicare and Medicaid Services，CMS）的临床实验室改进法案（Clinical Laboratory Improvement Amendments，CLIA） 美国病理学家协会（College of American Pathology，CAP） 美国疾控中心（CDC） 美国医学遗传学学会（ACMG） 临床实验室标准化协会（CLSI） * 模板来自于 * 模板来自于 * 模板来自于 * 模板来自于 * R5028 idua 高通量结果 Polyphen蛋白预测 结果分析 剪接预测相关网站及使用 网站 /SplicingAnalyser.html http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 在CBS网站，正常序列结果如下： Donor：350 confidence：0.76 说明剪接位点在350处,序列为atcag^gtaggac 基因变异临床解释指南： 美国遗传学与基因组学学会指南 基因突变/变异 Pathogenic（致病的） Likely pathogenic （可疑致病的） Uncertain significance (VUS)（意义未明的） Likely benign（可能良性的） Benign（良性的） 描述致病性的变异用“突变”，良性的或者不清楚的用“变异” 良性 / 非致病性 强力证据 支持性证据 支持性证据 中等强度证据 强证据 极强证据 群体研究 数据 MAF is too high for disorder BA1/BS1 OR observation in controls inconsistent with disease penetrance BS2 Absent in population databases PM2 Prevalence in affecteds statistically increased over controls PS4 计算机 预测 Multiple lines of computational evidence suggest no impact on gene/gene product BP4Missense in gene where only truncating cause disease BP1Silent variant with non-predicted splice impact BP7In-frame indels in repeat w/out known function BP3 Multiple lines of Computational evidence support a deleteri