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5.替换数据库 下载蛋白数据库存放到本文件夹 (所使用fasta数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/current/下载得到) 用记事本打开 参考文献： / /GPM/gpm_install_faq.html 蛋白质组学数据统计分析软件Trans-Proteomics Pipeline (TPP) Trans-Proteomic Pipeline (TPP)是用于LC/MS/MS蛋白质组学数据分析的软件. TPP包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的模块, 能够对经Sequest数据库搜索引擎得到的结果进行筛选过滤,从而达到蛋白质鉴定和测序的目的. 蛋白质组学数据统计分析软件 Trans-Proteomic Pipeline (sashimi) 蛋白质组学数据统计分析软件 蛋白质组学数据统计分析软件 sp|P02754|LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR (BETA-LG) (ALLERGEN BOS D 5) - Bos taurus (Bovine). MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI TPEVDDEALEK : p = 0.96 PTPEGDLEILLQK : p = 0.81 LSFNPTQLEEQCHI : p = 0.65 P = 1 – (1-0.81)(1-0.96)(1-0.65) = 0.99 蛋白质组学数据统计分析软件 TPP的安装与配置 从http：///TPP.php上下载并安装windows版本TPP软件。TPP_Setup_v4_2_JETSTREAM_rev_0.exe。安装过程中选择附带安装Apache(安装TPP4.2要求系统已安装ActivePerl-5.8.8.*以上版本，可从网站上下载)。安装完成后，将会生成TPP的图标 安装完后,桌面上生成了TPP和Cygwin的图标 使用TPP  点击桌面上的 TPP Web Tools ,将会出现TPP的登陆界面. TPP的登陆界面 UserName: guest Password: guest TPP Web Interface的欢迎界面 样本数据分析 准备工作: 确保C盘至少1G的空闲的硬盘空间. 将数据文件ZCNI_No1(含.dta和.out文件)至ZCNI_No6和质谱RAW文件ZCNI_No1.RAW至ZCNI_No6.RAW,以及Sequest参数文件sequest.param放到目录: C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\ZCNI_training下 3. 将数据库文件ipi.HUMAN.fasta放到目录: C: \database中 操作流程 将质谱RAW文件转换成mzXML文件 ； 以Sequest结果文件和mzXML文件转换成xml文件； 运行PeptideProphet，得到pepXML文件； 以上步得到的pepXML文件运行ProteinProphet，得到最终结果； 1.将RAW转换成mzXML文件 点击Analysis Pipeline,选择mzXML,在Specify RAW Input File(s) to convert to mzXML中点击Add Files,添加要转成mzXML的RAW文件 选择目录ZCNI_training 选择所有的RAW文件 选择目录ZCNI_training 选择所有的RAW文件 RAW转成mzXML文件 2.由.out文件整合成pepXML文件 点击“Analysis Pipeline”, 然后点击pepXML,出现如图所示的界面. pepXML界面 在File(s) to convert to pepXML点击add files 选择ZCNI_training Z CNI | S Y S T E M S B I O L O G Y 实习5：蛋白质组学数据分析 1.蛋白质组学质谱分析背景介绍 2.蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem) 3.蛋白质组学数据统计分析软件TPP 课程内容: 蛋白质组学质谱分析背景介绍 Tandem MS 蛋白质组学质谱分析背景介绍 m/z:质