转录组学分析揭示MADS-box转录因子可能参与柑橘果实成熟的早熟调节.docx

解析人： 张玉娟 关键词： 转录组测序、柑橘、转录因子 中文题目： 转录组学分析揭示 MADS -box 转录因子可能参与柑橘果实成熟的早 熟调节 文章题目： Transcriptomic analysis ofCitrus clementinamandarin fruits maturation reveals a MADS -box transcription factor that might beinvolved in the regulation of earliness 期刊名： BMC Plant Biology 发表时间： 201902 IF ：3.67 作者单位： Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias 测序产品 ：真核有参转录组 样品来源： 柑橘 文章类型： 研究类 文章摘要 利用 RNA-seq对成熟过程中 3 个突变的转录组进行了时间进程分析。结果 表明，在这些突变体中， 果实成熟过程中的早熟和晚熟与一组基因表达的提前或 延迟有关， 这些基因可能与饱和过程有关。 对已知参与果实成熟调节的转录因子 的详细分析确定了 MADS -box家族的一个成员，其在早熟突变体 ARR 中的表达 较低，在晚熟突变体 HER 中的表达较高。该基因在成熟期的表达模式基本上与 乙烯生物合成基因、 SAM 和 ACC 合成酶和 ACC 氧化酶的表达模式相反。该基 因在早熟突变体中以半合子剂量存在。 研究背景 早熟和晚熟品种的选育是柑橘育种的重要目标， 掌握控制早熟和晚熟过程的遗 传机制，形成早熟和晚熟表型至关重要。 研究材料 三种不同品种的 CLE （中熟），ARR（早熟）和 HER（晚熟），对 9月至 12月 的果实成熟的不同时间点取样 （果皮果肉分开抽提， 然后等量混合） 然后进行转 录分析。 研究结果 不同品种在成熟过程中表现出生理特征差异 通过在指定日期测量所有样本柑橘的颜色变化、 酸度变化、 糖含量和酸度比 来确定每个品种的成熟状态。 外部成熟的主要差异可以在花后 189 天观察到，此 时 ARR 明显变成橙色，而 CLE 褪去绿色， HER 仍然有绿色果实 果实成熟过程中的时序分析 maSigPro分析共得到 5356个显著基因（ FDR 0.05和R2 ≥0.）7 ，随着成熟过 程而变化的表达模式，根据其表达谱分为不同的簇。 A： control，3 个品种的表达模式相似，且品种间没有差异。在成熟过程中表达 明显增加的有 501 个，明显降低的有 278 个。 B:CLE and ARR 表达模式相似，而 HER 有所不同，表达整体相对延迟。 C：ARR 表达模式不同，与其它品种的差异随着时间的推移而减少。 D:表达模式不同， HER 表达延迟明显。 转录本的功能注释揭示与成熟相关的主要过程 GO、和 KEGG 分析表明果实成熟过程中最具代表性的 pathway 包括植物激 素信号转导、氧化磷磷酸化、淀粉和蔗糖代谢或糖分解 /糖异生途径。最丰富的 转化 GO term 包括对氧化还原过程的反应、 转录调节、 对脱落酸的反应、 蔗糖代 谢过程、跨膜运输或戊糖磷酸分流。 色素的形成是柑橘成熟过程中的一个主要特 征，颜色变化的时间在很大程度上决定了柑橘被归类为早熟或晚熟品种。 我们的 分析集中在与颜色变化和水果酸度有关的基因上， 从未成熟果实果皮的绿色变化 到成熟果实果皮和果肉的橙色， 意味着叶绿素和类胡萝卜素生物合成的降解。 与 叶绿素生物合成或降解相关的 42 个基因中，那些标注有叶绿素、叶绿素 a 生物 合成或叶绿素周期的基因属于呈现下降表达模式的聚类。 柑橘果肉酸度是影响果 实风味品质的关键因素， 柑橘果肉酸度与柠檬酸浓度相关。 柠檬酸盐在成熟的生 长阶段积累，达到峰值后，随着果实成熟，柠檬酸盐逐渐减少。 转录因子分析确定了在成熟过程中可能发挥相关作用的基因 通过 PlantTFcat数据库共鉴定到 593个TFs，通过与 CLE 品种的叶片、根和韧 皮部转录组数据的 TFs基因表达进行比较，鉴定得到 273个 TF在果实中高表达， 在时序分析中同样鉴定到的有 40 个。所发现的大量基因转录因子与功能注释结 果一致， GO term“regulation of transcrip-tion, DNA -templated 是”第二丰富的，表 明果实成熟受到严格的遗传控制。 通过 blastP 和系统发育分析在番茄中鉴定到序 列相似的、已知功能的 TF，在图上展示了具体的表达模式 编码 MADS -box 转录因子的 Cicle基因可能与果实成熟有关 Cicle因在 126 DPE 显示和表达模式可能与果实早熟和晚