ABI3500操作手册基因测序..docVIP

3500/3500XL 简易操作手册 空间定位和光谱校正 1.1 设置 Dye Set 进入 library 界面，选择 Dye Sets 菜单，点击 Create ，在 Dye Set Name 中输入“ AGCU_E5 ”作为我公司 Dye Set 名称，从 Chemistry 下拉菜单中选择 “ Matrix Standard ”，从 Dye Set Template 下拉菜单中选择 “E5 Template ”，设置完成后点击 Save 保存设置。 1.2 空间定位 进入 3500 Data Collection Software 主界面，选择 Maintenance 菜单，在 Maintenance 界面中点击 Calibrate 下拉菜单中的 Spatial 按钮，选择 合适的空间定位参数即可开始空间定位。 3500 系列遗传分析仪空间定位与 3100 、 3130 系列类似。 1.2 光谱校正 a 、光谱校正前先更换水和阴阳极 Buffer ，按 10ul 甲酰胺： 0.5ul 5 Dye Matrix Standard 的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡 混匀后短暂离心。 准备一块新的 96 孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在 前三列各孔中。 3500/3500xL 进行光谱校正时仪器默认第一个 Run ，即前三列 中加入了光谱校正混合物。 95℃加热 3 min ，立即冰浴 3 min ，变性完成后装 载 96 孔板并置于仪器托盘中。 b、点击 Calibrate 下拉菜单中的 Spectral 按钮，按照 图示选择各种参数点击  Start Run 即可进行光谱校正。注意在  Dye Set 中应选则在  1.1 中 设置好的与  AGCU  试剂盒相匹配的  Dye Ste  。如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪 器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后 结果。光谱校正时应观察实时原始数据， 以便及时做出相应调整， 确保最终结果。 C、3500 系列遗传分析仪与 3100 、3130 系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。它不需要 编写 protocol 、run module 等软件栏目及其相应参数设置，直接按照仪器默认的参数进行 即可，因此操作更为简单、快捷。 软件参数设置 2.1 创建 Instrument Protocol 进入 library 界面，选择 Instrument Protocols 菜单，点击 Create 。按下图所示选择或设置各个参数， 设置完成后点击 Save 保存。注意将 Protocol Name 命名为“ AGCU_E5_STR ”，进样电压设置为 3kv ，进样时间可设置为 6～ 10 sec ， Dye Set 选择 1.1 步骤中已设置好的“ AGCU_E5 ”，其他参数设置请参照下图。 2.2 创建 Size Standard 进入 library 界面，选择 Size Standards 菜单，点击 Create 。在 Size Standard 中输入“ AGCU_SIZ500 ”， Dye Color 下拉菜单中选 择“ Orange ”，在左侧对话框中依次输入 75、100 、139 、150 、160 、200 、300 、 340 、350 、400 、450 、490 、 500 ，每次输入结束后点击中间“ Add Size ”菜单 即可将所输数字加入右侧对话框中。待全部输入结束后点击 Save 保存。 2.3 创建 QC Protocol 进入 library 界面，选择 QC Protocols 菜单，点击 Create 。 在 Protocol Name 中输入“ AGCU_QC ”， Size Standard 下拉菜单中选择在 2.2 中已创建的“ AGCU_SIZ500 ”，将 Use Baselining 改为 38 。其他参数均按下图 所示进行设置，设置完成后点击 Save 保存。 2.4 创建 Assay 进入 library 界面，选择 Assays 菜单，点击 Create 。在 Assay Name 中输入“ AGCU_STR ”， Application Type 下拉菜单中选择“ HID ”， Instrument Protocol 下拉菜单中选择 2.1 中创建的“ AGCU_E5_STR ”， QC Protocol 下拉菜单中选择 2.3 中创建的“ AGCU_QC ”。待所有选项选择完成后点击 Save 保存。若第一步是从创建 Assay 开始，也可在该界面下点击 “ Create New ”菜单，按照上文