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油菜角果数自然变异机制的系统解析 目 录 摘 要 i Abstractiii 缩略语表 v 1 文献综述 1 1.1 油菜角果数性状的重要性 1 1.2 油菜角果数的遗传学研究 1 1.3 油菜角果数的分子遗传学进展 2 1.4 模式植物和其他作物中花器官数目调控机理研究 3 1.5 关联分析及其在作物复杂性状研究中的应用 5 1.5.1 关联分析原理 5 1.5.2 关联分析在植物复杂性状研究中的应用 8 1.5.3 关联分析在作物复杂性状研究中存在的问题与展望 10 1.6 本研究的目的与意义 11 2 油菜角果数差异形成的生理基础 12 2.1 材料与方法 12 2.1.1 试验材料与田间种植设计 12 2.1.2 花器官、角果数统计 12 2.1.3 光合速率测定 12 2.1.4 叶面积测量、生物量测量 12 2.1.5 顶端分生组织 （SAM ）显微观察 13 2.2 结果与分析 13 2.2.1 极端材料间角果数的差异由花器官数目和结角率共同决定 14 2.2.2 角果数与总光合作用高度相关 14 2.2.3 角果数与生物量高度相关 16 2.2.4 角果数极端材料的连续显微观察 18 2.3 讨论 20 3 油菜角果数性状的全基因组关联分析 22 I 华中农业大学2019 届博士研究生学位 （毕业）论文 3.1 材料与方法 22 3.1.1 试验材料 22 3.1.2 田间种植与表型考察 22 3.1.3 表型数据统计分析 22 3.1.4 SNP 过滤、群体结构与亲缘关系分析22 3.1.5 全基因组关联分析 23 3.2 结果与分析 23 3.2.1 角果数性状的遗传变异 23 3.2.2 关联分析模型选择 29 3.2.3 角果数性状的全基因组关联分析 30 3.3 讨论42 4 油菜角果数差异形成的分子机制-基因差异表达44 4.1 材料与方法44 4.1.1 试验材料44 4.1.2 RNA 提取44 4.1.3 转录组建库测序流程45 RNA 质检45 Oligo dT 富集mRNA46 片段化mRNA 46 反转合成cDNA46 连接adaptor 46 Illumina Hiseq 上机测序 46 4.1.4 测序数据处理与分析46 质控与过滤46 参考基因组比对47 基因表达量分析47 差异表达基因富集分析47 4.2 结果与分析48 4.2.1 转录组测序数据统计与分析48 II 油菜角果数自然变