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基于氨基酸序列的甲型流感病毒多样性及进化分析  目录 摘 要 i Abstract iv 缩略词（Abbreviation ） viii 1 文献综述 1 1.1 甲型流感病毒感染的流行与危害 1 1.2 甲型流感病毒的基因组结构与功能 2 1.3 甲型流感病毒的命名和分类 3 1.3.1 甲型流感病毒的命名 3 1.3.2 甲型流感病毒的亚型 3 1.3.3 甲型流感病毒谱系/分支的命名 4 1.3.4 甲型流感病毒的分类 5 禽流感病毒 5 人流感病毒 7 猪流感病毒 7 马流感病毒 9 犬流感病毒 10 1.4 甲型流感病毒的进化 11 1.4.1 抗原漂移 11 1.4.2 抗原转变 12 1.4.3 遗传进化分析常用的技术及软件 13 1.4.4 甲型流感病毒的全景图分析 14 1.5 甲型流感病毒的防控现状 16 1.6 研究目的及意义 18 2 甲型流感病毒的分布研究 19 2.1 前言 19 2.2 材料与方法 19 2.2.1 材料 19 2.2.2 数据的收集与整理 20 流感病毒相关数据库 20 数据的下载和整理 21 2.2.3 数据分析 21 2.3 结果 21 2.3.1 IAV 氨基酸序列的基本分布情况 21 2.3.2 HA 基因的宿主分布 22 2.3.3 NA 基因的氨基酸序列的宿主分布 23 2.3.4 HA 基因的时间分布特征 23 2.3.5 NA 基因序列的 HA 基因亚型分布 25 2.3.6 流感数据库的比较 26 Influenza Virus Resource 和 IRD 数据库的比较 26 NCBI Influenza Virus Resource 与 GISAID 数据库的比较 27 2.4 讨论 28 2.4.1 可用序列数据剧增 28 2.4.2 流行亚型的时空特点明显 29 I    华中农业大学 2020 届博士研究生学位论文  2.4.3 感染宿主谱的倾向性明显 29 2.4.4 不同流感数据库各有特点 29 2.5 结论 30 3 甲型流感病毒的进化多样性分析 31