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甘蓝型油菜生态型分化的遗传基础解析 目录 摘 要i Abstractiv 缩略词表vii 1 文献综述1 1.1 甘蓝型油菜简介及其基因组研究进展1 1.1.1 甘蓝型油菜生态型分化1 1.1.2 甘蓝型油菜基因组测序研究进展3 1.1.3 结构变异对作物主要农艺性状具有重要作用6 1.2 拟南芥开花调控研究进展9 1.3 甘蓝型油菜开花调控研究进展13 1.4 本研究的目的与意义21 2 材料与方法22 2.1实验材料22 2.2 材料种植及主要农艺性状表型考察22 2.3DNA 的提取方法23 2.4DNA 测序及基因组组装、注释23 2.5ZS11基因组中开花基因鉴定24 2.6 关联分析群体基因型分析24 2.7全基因组关联分析作图及候选基因鉴定25 2.88个甘蓝型油菜中开花基因的PAV 分析及结构变检测25 2.9 转录组测序分析26 2.10 序列分析及统计分析27 3 结果与分析28 3.18个甘蓝型油菜自交系的主要农艺性状28 3.2 测序数据统计29 3.3 8个甘蓝型油菜基因组组装30 3.4 8个甘蓝型油菜基因组比较分析32 I 华中农业大学2020届博士研究生学位 （毕业）论文 3.5ZS11基因组中开花相关基因的鉴定33 3.6 关联分析鉴定甘蓝型油菜中开花期相关位点38 3.7 8个甘蓝型油菜参考基因组中开花相关基因的PAV 挖掘47 3.8 甘蓝型油菜中FLC和FT基因PAV 变异鉴定及分析52 3.8.1 甘蓝型油菜中FLC基因PAV 变异鉴定及分析52 3.8.2 油菜中FT基因结构变异鉴定及分析62 3.9Bna.FT和Bna.FLC基因在甘蓝型油菜开花调控及生态型分化中的作 用64 3.9.12018-2019年油菜生育期田间环境温度统计64 3.9.2 5个Bna.FLC和3个Bna.FT基因春化过程中mRNA转录水平变 化65 3.9.34 个Bna.FLC与甘蓝型油菜生态型分化71 3.9.4BnaA10.FLC、BnaA02.FLC和BnaC02.FLC对油菜开花期的影响 74 4 讨论77 4.18个甘蓝型油菜基因组为遗传学研究及育种提供了资源77 4.2PAV 等结构变异在基因组中普遍存在，对表型有重要影响78 4.34 个Bna.FLC基因与甘蓝型油菜开花调控79 4.4 甘蓝型油菜中其它开花相关基因挖掘79 5. 展望81 参考文献82 附录Ⅰ 附表及附图101 附录Ⅱ 作者简介及发表文章 126 致谢127 II 甘蓝型油菜生态型分化的遗传基础解析 摘 要 甘蓝型油菜是世界第二大油料作物，在长期驯化栽培过程中产生了广泛 的变异。根据油菜开花对低温的需求将其分为3 种生态类型：冬性油菜 （WORs）、春性油菜 （SORs）和半冬性油菜 （SWORs），其生态型分化的 基础尚不明确。甘蓝型油菜是异源四倍体物种，基因组复杂，尽管已发布多 个品种基因组草图，但其质量和代表性不足以满足功能基因组研究和品种改 良的需求。本研究中，我们结合多种测序技术对中双11 （ZS11）等代表3种 不同生态型的8个甘蓝型油菜品系进行了测序和de novo 组装，得到了的8 个高质量参考基因组，鉴定了开花相关基因及相关的PAV，并结合开花期全 基因组关联分析 （GWAS）及8个油菜品系春化前