玉米小RNA种内变异的遗传机制全基因组分析.pdfVIP

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2021-01-11 发布于江苏
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玉米小RNA种内变异的遗传机制全基因组分析.pdf

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Huazhong Agricultural University 2020 Master Degree Dissertation Contents 摘要 i Abstract iii List of abbreviationsvi 1. Introduction 1 1.1. Maize (Zea mays L.) is among topmost important crops worldwide 1 1.2. Maize reference genome 3 1.3. Small RNA (sRNA) 5 1.4. Genome-wide association study (GWAS) 10 1.5. Advantages of association studies 11 1.6. Expression quantitative trait locus (eQTL) 12 1.7. A framework of eQTL analysis 14 1.8. eQTL hotspots 15 1.9. Aims of the study 16 2. Materials and methods 18 2.1. Plant Materials and growth conditions 18 2.2. Software 19 2.3. Library Construction and sequencing 20 2.4. Small RNA data processing 20 2.4.1. Quantification of sRNA sequence and sRNA species 20 2.4.2. Differential expression of sRNA species 22 2.5. Expression genome-wide association studies (eGWAS) analysis 22 2.6. Identification and quantification of trans-eQTLs 22 2.6.1. trans-eQTL hotspots identification and chi-square test 23 2.6.2. Candidate gene selection 24 2.6.3. Gene ontology (GO) enrichment analysis of all trans-eQTLs associated genes 24 3. Results 25 3.1. Genetic materials and distribution of sRNAs 25 3.1.1 Distribution of sRNAs and sRNA species 27 3.1.2. sRNAs differential expression pattern 35 3.2. Expression genome-wide association mapping (eGWAS) 37 IV Genome-wide dissection of genetic mechanisms underlying intraspecific variation of small RNAs in maize 3.3. eQTL analysis of sRNA species 38 3.3.1. Identification of trans-eQTL hotspots, and candidate genes 42 3.3.2. GO enrichment analysis of all trans-eQTL associated genes 49 4. Discussion 52 4.1. Various gen