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益生菌对雏鸡抵抗大肠杆菌感染的影响及基因组分析 目录 摘要 i Abstractiii 缩略词表（Abbreviation ）vi 1 前言1 1.1 问题由来1 1.2 文献综述1 1.2.1 肠道菌群与动物健康1 1.2.2 益生菌与微生态制剂2 1.2.3 微生态制剂与禽大肠杆菌病3 1.2.4 微生物基因组生物信息学分析6 1.3 研究目的与意义9 2 材料和方法9 2.1 实验材料9 2.1.1 菌株与细胞9 2.1.2 实验所用酶、试剂和仪器10 2.1.3 主要培养基及抗生素配制10 2.1.4 主要溶液的配制 11 2.1.5 引物 11 2.1.6 实验动物及饲喂方式 11 2.2 实验方法12 2.2.1 菌株复苏及16SrDNA 鉴定12 2.2.2 益生菌生长曲线的测定13 2.2.3 益生菌对强酸及胃蛋白酶的耐受性试验13 2.2.4 益生菌基因组二代测序及生信分析14 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位论文 2.2.5 益生菌体外抑菌试验16 2.2.6 益生菌对雏鸡感染大肠杆菌的保护力试验17 2.2.7 混合益生菌对雏鸡感染XT-13 后组织病理变化影响的评估18 2.2.8 混合益生菌对雏鸡生长性能和感染XT-13 后相关指标的检测20 2.2.9 混合益生菌对雏鸡感染AV006(O78) 的保护试验24 3 结果与分析25 3.1 益生菌生长曲线25 3.2 益生菌对强酸和胃蛋白酶的耐受能力25 3.2.1 益生菌对强酸的耐受能力25 3.2.2 益生菌对胃蛋白酶的耐受能力26 3.3 益生菌体外抑菌试验27 3.3.1 抑菌圈直径27 3.3.2 共培养抑菌效果29 3.3.3 益生菌对XT-13 的黏附抑制效果30 3.4 益生菌对雏鸡的保护效果31 3.4.1 XT-13 感染雏鸡预试验结果31 3.4.2 保护率与体重变化31 3.4.3 剖检与组织病理变化33 3.4.4 组织中XT-13 载菌量的差异38 3.5 混合益生菌对雏鸡生长性能和免疫因子的影响39 3.5.1 混合益生菌的促生长效果39 3.5.2 混合益生菌对肠道黏膜形态的影响40 3.5.3 混合益生菌对雏鸡感染过程中血清IL-10 和IL-17 水平的影响43 3.5.4 混合益生菌对雏鸡血清杀菌能力的影响44 3.5.5 混合益生菌对雏鸡感染过程中肝脏DEF-β1 水平的影响45 3.6 混合益生菌对O78 型大肠杆菌的保护力45 3.7 基因组二代测序分析结果46 3.7.1 基因组电泳图46 3.7.2 基因组标准分析统计47 II 益生菌对雏鸡抵抗大肠杆菌感染的影响及基因组分析 3.7.3 基因组个性化分析统计49 4 讨论63 4.1 益生菌对XT-13 的体外抑制作用63 4.2 混合益生菌对肠黏膜形态与生长性能的影响63 4.3 混合益生菌对雏鸡感染大肠杆菌的保护潜力64 4.4 混合益生菌对雏鸡免疫相关因子的影响64 4.5 益生菌基因组分析的启示66 5 结论67 参考文献68 附录78 致 谢87 III 益生菌对雏鸡抵抗大肠杆菌感染的影响及基因组分析 摘要 致病性大肠杆菌 （Escherichia coli ，E.coli ）是一种常见的病原菌，传染性和耐药性 都较强，容易引发规模性大肠杆菌病 （Colibacillosis ），对动物养殖业造成极