微生物基因组研究应用进展及意义.docVIP

微生物基因组研究进展及其意义 　　多年来，病原微生物基因组研究取得了飞速进展。所谓基因组研究是指对微生物全基因进行核苷酸测序，在了解全基因结构基础上，研究各个基因单独或数个基因间相互作用功效。因为过去大家大多从表型分析入手，寻求已知功效编码基因，实际只了解微生物中极少数基因，如链球菌链激酶基因、结核杆菌编码热休克蛋白基因等。还有大量未知基因未被发觉。经过基因组研究，则从根本上揭示了微生物全部基因，不仅可发觉新基因，还可发觉新基因间相互作用、新调控因子等。这一研究将使人类从更高层次上掌握病原微生物致病机制及其规律，从而得以发展新诊疗、预防及诊疗微生物感染制剂、疫苗及药品。另外，新发觉微生物酶及蛋白还可能有在工农业生产上应用价值。所以，全球除已完成了70余株覆盖关键病毒科病毒代表株全基因组研究外，据美国基因组研究所（The Institute for Genomic Research, TIGR）报道，现在已完成了19种微生物基因组测序，其中11种和人类及疾病相关（嗜血流感杆菌，生殖道支原体，肺炎支原体，幽门螺杆菌，枯草杆菌，伯氏疏螺旋体，结核杆菌，梅毒螺旋体，沙眼衣原体，普氏立克次体）。另外，还有40余种微生物已被登记正在进行测序，估计在1999～完成〔1〕。 病毒基因组研究进展　　病毒因其基因组小，是进行基因组研究最早生物体。早在1977年已完成了噬菌体DNA全基因测序。存在于脊髓灰质炎疫苗中SV40，是最早完成全基因测序和疾病相关病毒；以后，很多病毒均已完成了全基因测序，并依据序列开放阅读框架（ORF）对编码蛋白进行了推导。已对相当部分病毒蛋白进行了重组表示，还对部分病毒基因编码调控序列进行了研究。除通常大小病毒已完成了基因组测序，对大基因组病毒，疱疹病毒科，如水痘病毒基因组为0.125Mb(Mega-basepair,兆碱基对)〔2〕。巨细胞病毒，基因组为0.229Mb〔3〕。中国已对痘苗病毒天坛株（约0.2Mb）进行了全基因测序，发觉和国外痘苗毒株序列有显著差异〔4〕。中国还对甲、乙、丙、丁、戊、庚型肝炎病毒进行了中国毒株全基因测序。最近还对中国2株发觉虫媒病毒毒株完成了全基因测序。中国从不一样起源标本中发觉了不少乙肝病毒变异株，有含有特殊生物学特征〔5〕。对病毒基因中调控因子分析，发觉了和乙肝病毒增强子作用新细胞核因子〔6〕。　　所以，现在对病毒基因组研究已进入了后基因组阶段，即从全基因水平研究病毒生物学功效，同时发觉新基因功效。对于医学病毒学目前关键方向是研究病毒基因组中和致病及诱生免疫应答相关基因，从而揭示和处理迄今还未处理问题，以达成控制或消亡部分关键病毒感染目标。　　提议现在可进行后基因组研究领域为：　　1． 病毒连续性感染：基因组中和连续性感染相关基因，基因变异或调控因子研究。已报道乙肝病毒前关键基因出现终止密码突变，可逃逸机体对E抗原免疫应答，有利于病毒连续感染〔7〕。　　2． 病毒和肿瘤关系：已知EB病毒、人乳头状瘤病毒、乙肝病毒等均和肿瘤相关。对这些病毒基因组或基因变异研究，有可能揭示部分致瘤机理，如最近报道EB病毒LMP-1基因羧基端缺失30个碱基对，可能含有更高致癌性〔8〕。　　3． 病毒变异株或新出现毒株致病性改变：如最近发觉肺出血性汉坦病毒〔9〕，对人致病H5禽流感病毒和复制性尤其强乙肝毒株〔10〕等，对嗜性改变巨细胞病毒〔11〕从基因水平进行了研究。　　4． 病毒编码复制酶基因及其调控研究：有些病毒含有独特复制酶，如对人免疫缺点病毒酶研究造成开发出有效抗病毒制剂。还有部分病毒（如丙型肝炎病毒）复制酶编码基因虽已明确，但未能大量在体外表示，而且对这些酶在细胞内病毒复制中所起作用也不清楚，延误了抗病毒制剂开发，应抓紧进行研究。　　5． 病毒受体研究：已知病毒受体多数是复合型，最近发觉人免疫缺点型病毒受体除CD4外还有副受体〔12〕。受体是病毒入侵细胞第一关，经过全基因组研究将更有利于发觉复合病毒受体。　　总而言之，本世纪后期已从基因组水平研究病毒功效〔13〕，所以，我们应注意将病毒基因研究关键转移到研究病毒基因和细胞相互作用中来，以开辟对病毒致病机理研究宽广天地。细菌基因组研究进展　　广义细菌包含细菌、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体及放线菌，所以细菌基因组研究也包含这些微生物。除放线菌外，细菌基因组大小为1至数个Mb。现在正在研究测序细菌已超出40余种。和致病相关关键细菌、真菌及寄生虫，参见表1。 表1　正在进行全基因组测序关键细菌、真菌和寄生虫〔1，14〕 细　　　菌 真　　菌 寄 生 虫 百日咳鲍氏杆菌 变异链球菌 白色念珠菌 利什曼原虫 空肠弯曲菌 肺炎链球菌 　(2株) 恶性疟原虫 鼠伤寒沙门杆菌 化脓链球菌 酿酒酵母菌 曼氏血吸虫 结核分枝杆菌 溶脲脲原体