不同食物饲喂下甘肃鼢鼠盲肠微生物及代谢组学研究.pdfVIP

摘 要 摘要 啮齿动物肠道中存在着数量庞大且复杂的微生物种群，经过长期的适应性进化， 在宿主肠道中形成了一个复杂、动态平衡的系统。随着对肠道微生物研究的逐渐深入， 人们发现诸多因素可以对其产生影响。其中，宿主饮食会在肠道内产生强烈的选择压 力，其对肠道微生物群落结构的影响是研究的热点。 甘肃鼢鼠（Eospalax cansus ）隶属啮齿目（Rodentia ）鼹形鼠科（Spalacinae ）鼢 鼠亚科（Myospalacinae ）。此前对甘肃鼢鼠肠道的研究主要集中在从形态生理学角度 探究其消化道对环境的适应性，而忽略了动物的“第二套基因组”肠道微生物在甘肃 鼢鼠适应环境过程中的作用。本研究采用16S rRNA 高通量测序和代谢组学技术，分 析了野生和人工饲喂条件下甘肃鼢鼠肠道菌群多样性及子母鼠肠道菌群异同，旨在揭 示食物变化对甘肃鼢鼠肠道菌群的影响及子母鼠肠道中共享的核心菌群，为基于肠道 微生物的地下啮齿类动物生态适应性研究提供理论基础。 主要研究结果如下： 1．野生和人工饲喂条件下甘肃鼢鼠盲肠细菌多样性 野生和人工饲喂条件下，优势菌门均为厚壁菌门（Firmicutes ）和拟杆菌门 （Bacteroidetes ），但丰度却存在显著性差异。在人工饲喂条件下，樟子松根、油松根 和云杉根饲喂组间甘肃鼢鼠肠道菌群结构与多样性相似度较高，而与苜蓿组和野生组 之间均存在较大差异。 2 ．甘肃鼢鼠母鼠和子鼠盲肠细菌多样性 甘肃鼢鼠母鼠和子鼠盲肠优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门 （Proteobacteria ），但厚壁菌门和变形菌门丰度在两者间存在显著差异。甘肃鼢鼠母鼠 盲肠细菌多样性显著高于子鼠，Beta 多样性分析表明两者的菌群结构也存在显著差异。 3 ．基于食源变化的甘肃鼢鼠盲肠内容物代谢组学 采用 LC-MS 技术对食源改变下甘肃鼢鼠盲肠内容物代谢物进行初步研究发现， 食源改变时甘肃鼢鼠盲肠内容物代谢谱发生了明显变化。其中，生物胞素、D-生物素、 色氨酸、高香草醛、4-羟基苯丙酮酸、脱氢表雄酮、雄酮、皮质醇和Cortolone 在樟子 松组含量较高，龙胆酸和酪醇在苜蓿组含量较高。将这些代谢物与甘肃鼢鼠盲肠科水 平细菌进行Sperman 相关性分析发现，代谢物含量的变化与肠道菌群的丰度之间具有 相关性。 关键词：甘肃鼢鼠；16S rRNA ；肠道微生物；盲肠内容物；代谢组学 I 目 录 目 录 摘要I ABSTRACT II 第一章 文献综述 1 1.1 甘肃鼢鼠概述 1 1.1.1 甘肃鼢鼠生物学特征 1 1.1.2 甘肃鼢鼠食性研究 1 1.1.3 甘肃鼢鼠肠道研究现状 2 1.2 啮齿动物肠道微生物概述 2 1.2.1 啮齿动物肠道微生物的组成与分布 2 1.2.2 啮齿动物肠道微生物的主要功能 3 1.2.3 啮齿动物肠道微生物群落影响因素 5 1.3 高通量测序技术 7 1.4 代谢组学技术 7 1.5 研究的目的及意义 8 第二章 材料与方法9 2.1 实验材料 9 2.1.1 样品采集 9 2.1.2 主要试剂 10 2.1.3 主要仪器设备 11 2.2 实验方法 11 2.2.1 肠道细菌多样性研究方法 11 2.2.2 代谢组学研究方法 13 第三章 结果与分析 14 3.1 野生和不同食源人工饲喂