5.6三级结构的比对-01-SuperPose叠合.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 三级结构的比对：SuperPose 叠合 蛋白质三级结构的比对不同于序列比对，它是针对蛋白质三维空间结构的相似性进行比 较，是蛋白质结构分析的重要手段之一。结构比对可用于探索蛋白质进化及同源关系、改进 序列比对的精度、改进蛋白质结构预测工具、为蛋白质结构分类提供依据，以及帮助了解蛋 白质功能等。结构比对的结果可以用很多种参数来衡量，最常用的是 root mean squared deviations (RMSD)。如果两个结构的 RMSD 为 0 埃，那么就认为它们结构一致，可以完全重 合。一般来说，RMSD 小于 3 埃时，认为两个结构相似。 SuperPose 是一款在 线蛋 白质结构 叠合软 可以将两个结构比对在一起，并给出两者之间的 RMSD。以课程附件中的 A.pdb 和 B.pdb 为 例，分别上传，提交。 图 1. SuperPose 提交页面 结果页面里（图 2），3D 可视插件需要 java 支持。弹出窗口问是否加载所有模型，选择 yes。3D 窗口里可以看到红绿两个蛋白，即蛋白 A 和蛋白 B，被叠合在一起了。蛋白 A 和蛋 白 B 整体的结构还是比较相似的，但局部仍有差异。点击 RMSD Report 可以查看两者间具 体的 RMSD 值。 图 2. SuperPose 结果页面 RMSD Report 显示（图 3），如果考虑所有原子的话，整体结构两者间的 RMSD 是 5.55 埃，如果只考虑碳骨架的话，整体结构两者间的 RMSD 是 5.08 埃。通过 RMSD 值，我们可 以认为这两个蛋白质结构比较相似，但不是特别相似。 图 3. RMSD Report 分析页面 在叠合的结果中，蛋白 B 没有移动位置，只有蛋白 A 移动了位置。所以只需要把移动 后的蛋白 A 的 PDB 文件保存下来，再与原始的蛋白 B 的 PDB 文件同时用可视软件，比如 VMD，打开，就可以进一步分析叠合后的结果了。