5.12分子动力学模拟.pdf

《生物信息学》第五章 ：蛋白质结构预测与分析 （第三部分） 分子动力学模拟 前面我们看到的蛋白质结构，单体结构也好 ，复合体结构也罢，都是静止的。但实际上 我们身体里的蛋白质是 “软的”，而且时刻都在动，发挥功能时甚至会发生大的结构改变。 想要探明这种运动过程，可以进行分子动力学模拟 （Molecular Dynamic Simulation ，MDS ）。 分子动力学模拟就是用计算机根据牛顿定律来模拟原子及分子的物理运动过程。进行分子动 力学模拟的常用软件有 NAMD ，CHARMM ，Desmond ，Gauss 等。分子动力学模拟的过程 无法通过普通的个人 PC 机来完成，而需要使用超级计算机。以 NAMD 为例，要模拟一个 500 个氨基酸长度的蛋白质在机体内 10 纳秒的运动过程。超级计算机多节点 120 核 ，需要计 算大约 5 个小时；单节点 32 核工作站 1 纳秒需要 12 个小时。而有意义的分子动力学模拟需 要达到微秒级。所以分子动力学模拟的硬件成本和时间成本都是巨大的。 进行分子动力学模拟时，会将蛋白质放到一个水盒子里 （water box ），其中还要加上离 子，以模拟机体环境。软件计算每一个时间节点下的结构状态并保存成结构文件，计算完成 后 ，连续播放这些结构文件，就可以看到蛋白质的运动状态。视频课件中展示了本课题组发 表过的一个分子动力学模拟结果 ，它模拟的是蛋白质上一个钳子结构的开合。 分子动力学模拟软件 NAMD （/Research/namd/）和 VMD 由同一 课题组开发。VMD 可以加工 NAMD 所需要的结构文件及脚本文件，NAMD 做出的模拟结 果可以直接在 VMD 上进行查看。NAMD 官网发布了许多有趣的模拟动画。 至此，大家可以尝试利用学到的知识完成一个完整的课题。比如，导师给了你一条氨基 酸序列 ，让你去研究研究 ！这时候千万别慌 ，接过序列 ，打开电脑 ，先去各种数据库通过 BLAST 搜索获得序列的相关注释以及参考文献。再到 PDB 数据库去看看这个蛋白质有没有 已知的三维结构，发现没有 ，但是有个相似的蛋白有 PDB 结构，可惜一致度太低，不符合 同源建模的条件，那就用 I-TASSER 预测这个蛋白质的三级结构 ，顺便也预测出了蛋白质可 能的配体结合位点。预测完了别忘了用模型质量评估软件检测一下模型的质量是否合格。模 型合格了 ，再去 ZINC 数据库海选出一批小分子化合物出来 ，用 AutoDock 进行虚拟筛选 ， 挑出能量里最低的对接结果。最后用 VMD 做出蛋白质与小分子的相互作用图。相信你的导 师一定会对这个研究结果非常满意。