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GenBank 中字符的意思
Nucleotide 数据库分为三个子数据库:
·EST :表达序列标记数据库
·GSS :基因组测序序列数据库
·CoreNucleotide : 包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列
● MeSH: 查询缩写基因的全称
3、RefSeq (Reference Sequence )序列接受号 :
(1)mRNA 记录( NM_* ):
e.g.:NM_000492
(2 )基因组的 DNA 重叠群( NT_* ):
e.g.:NT_000347
(3 )完整的基因组或染色体( NC_* ) :
e.g.:NC_000907
(4 )基因组的局部区域( NG_* ):
e.g.:NG_000019
(5 )从人类基因组注释、加工得到的序列模型( XM ,XP,or XR_* ):
e.g.:XM_000483
● GenBank 记录中特性表中的主要关键词 :
关键词 解 释 关键词 解 释
misc_feature 生物学特性无法用特性 promoter 转录起始区
表关键词描述的序列
misc_difference 序列特性无法用特性表 CAAT_signal 真核启动子上游的 CAAT
关键词描述的序列 盒 ,与 RNA 结合相关
conflict 同一序列在不同的研究 TATA_signal 真核启动子的 TATA盒
中在位点或区域上有差
异
unsure 序列不能确定的区域 -35_signal 原核启动子中的 -35 框
old_sequence 该序列对以前的版本做 -10_signal 原核启动子的 Pribow 盒
过修订
variation 包含稳定突变的序列 GC_signal 真核启动子的 GC盒
modified_base 修饰过的核苷酸 RBS 核糖体结合位点
gene 已识别为基因或已命名 polyA_signal RNA 转录本的剪切识别
的序列区域 位点
misc_signal 无法用信号特性关键词 enhancer 增强子
描述的信号序列
.
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关键词 解 释 关键词 解 释
attenuator 与转录终止有关的序列 CDS 蛋白质编码序列
terminator 转录终止序列 sig_peptide 编码信号肽的序列
rep_origin 双链 DNA 复制起始区 transit_peptide 转运蛋白编码序列
misc_RNA 无法用 RNA 关键词描述的 mat_peptide 编码成熟肽的序列
转录物或 RNA 产物
prim_transcript 初始转
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