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PAGE2 ∏ NUMPAGES2 生物信息学的基本定义，阐述它的主要研究目标、研究内容及研究方法。 定义： 目标：示蕴藏在DNA和蛋白质氨基酸序列中具有普遍性、真实性的生物遗传本质，掌握复杂的生命现象 —— 生命起源、生物进化以及细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡的规律和时空联系. 研究内容：a生物信息的收集、存储、管理与提供；b基因组序列信息的提取和分析；c功能基因组相关信息分析；d 生物大分子结构模拟和药物设计；e生物信息分析的技术与方法研究；f 应用与发展研究方面 研究方法：a建立生物数据库：核苷酸顺序数据库(GENBANK)、Protein Data Bank(PDB)、氨基酸顺序数据库(SWISS-PRO)、酵母基因组数据库(YEASTS)、美国种质保藏中心(ATCC)、美国专利局数据库(USPO)等； b数据库检索：如Blast等； c序列分析：序列对位排列、同源比较、进化分析等； d.统计模型：如隐马尔可夫模型(hidden Markov model, HMM)――基因识别、药物设计；最大似然模型(maximun likelihood model, ML)、 最大简约法(Maximun Parsimony, MP)――分子进化分析等； e.算法：如自动序列拼接、外显子预测和同源比较、遗传算法、人工神经网络(artificial neural network)等。 2. 请论述生物信息学的研究内容有哪些？ 1） 生物分子数据的收集与管理： ①基因组数据库（EMBL、GenBank、DDBJ）②蛋白质序列数据库（SWTSS-PROT、PIR）③蛋白质结构数据库（PDB） 2） 数据库搜索及序列比较搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列 ①序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述。 ②多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 3） 基因组序列分析:①遗传语言分析——天书 ②基因组结构分析③基因识别④基因功能注释⑤基因调控信息分析⑥基因组比较 4） 基因表达数据的分析与处理:基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热点和重点。 目前对基因表达数据的处理主要是进行聚类分析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基础上寻找相关基因，分析基因的功能。 所用方法主要有：①相关分析方法②模式识别技术中的层次式聚类方法③人工智能中的自组织映射神经网络④主元分析方法 5）蛋白质结构预测。 蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定 ，蛋白质结构预测成为了解蛋白质功能的重要途径。 蛋白质结构预测分为: （1）二级结构预测: 在一定程度上二级结构的预测可以归结为模式识别问题 在二级结构预测方面主要方法有： 立体化学方法、图论方法、统计方法、最邻近决策方法、基于规则的专家系统方法、分子动力学方法、人工神经网络方法 预测准确率超过70%的第一个软件是基于神经网络的PHD系统 （2）空间结构预测 在空间结构预测方面，比较成功的理论方法是同源模型法 该方法的依据是：相似序列的蛋白质倾向于折叠成相似的三维空间结构 ,运用同源模型方法可以完成所有蛋白质10-30%的空间结构预测工作 3.生物信息学的大体定义是什么？其发展历程如何？ 利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是互联网技术）的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。目前主要的研究方向有：序列比对、基因识别、基因重组、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测，以及建立进化模型。 发展历程： ?20世纪50年代，生物信息学开始孕育 ?20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算生物学和计算机科学联系起来 ?20世纪70年代，生物信息学的真正开端 ④20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列著名的序列比较方法和生物信息分析方法 ⑤20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机构和生物信息数据库 ⑥20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展 4.生物信息学的发展经历了哪几个阶段，生物信息学的研究在生命科学中的意义。 生物信息学从产生至今经历了两个历史时代： 前基因组时代，也被称为测序基因组时代 后基因组时代，也被称为功能基因组时代 第一个阶段是前基因组时代。这一阶段主要是